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标题: N端乙酰化，C端酰胺化后如何生成gromacs的top文件 [打印本页]

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Author: TOPGAO 时间: 2023-4-23 15:55
标题: N端乙酰化，C端酰胺化后如何生成gromacs的top文件
如题，准备跑一个多肽自组装的分子动力学模拟，力场使用 CharmM 27 all-atom force field,但是N端乙酰化，C端酰胺化处理后，因为没有相应的力场参数，没法生成top文件。请问大家这种情况该怎么处理，谢谢大家。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-24 03:14
用AMBER力场，GROMACS自带的AMBER力场目录下的aminoacids.rtp里直接就有[ ACE ]和[ NME ]，都用不着自己定义

作者
Author: 1367 时间: 2024-6-25 09:44

sobereva 发表于 2023-4-24 03:14
用AMBER力场，GROMACS自带的AMBER力场目录下的aminoacids.rtp里直接就有[ ACE ]和[ NME ]，都用不着自己定 ...

sob老师您好，我目前研究的体系是需要使用charmm力场的，想问一下在这种情况下需要如何做去生成已经c端酰胺化多肽的拓扑文件？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-26 01:57

1367 发表于 2024-6-25 09:44
sob老师您好，我目前研究的体系是需要使用charmm力场的，想问一下在这种情况下需要如何做去生成已经c端酰 ...

在我所知范围内，没有什么情况是非得用CHARMM不可而不能被AMBER代替的

作者
Author: 平湖片帆 时间: 2024-6-28 11:30
charmm-gui网站也可以的，直接使用鼠标点一点就可以生成参数，而且支持N端乙酰化，C端酰胺化

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