计算化学公社

标题: 关于nwchem使用和有关量子化学的一些很基本问题 [打印本页]

作者
Author: ElaineShawn 时间: 2014-11-30 10:40
标题: 关于nwchem使用和有关量子化学的一些很基本问题
本帖最后由 ElaineShawn 于 2014-11-30 10:40 编辑

楼主本科是学化工的。。。当初是偏向工艺流程这方面的。。。所以。。。计算化学这方面的知识真少的很可怜:(现在是在英国读Mphil，但是课题方向偏到了这里。。。大导师也是化工方面的，所以给我找了个数学和物理学院的二导处理模拟这方面的事情。。。
但是痛苦的是二导师介绍给我的软件是nwchem，不光那边的师兄师姐们没用过，也很难找到相关资料，我目前只是靠它官方网站的些许例子。最关键的是，导师自己也没用过！并且导师还特别忙:(我只好来这里恳求帮忙了，先行谢过。以下是目前纠结的问题：
1. 因为没有人指点，所以我对于模拟计算的整个大概步骤方向都不太清晰，请问有什么好的资料可以了解一下的吗？现在我看着nwchem输出的文件中的数据都迷茫，不知道该用什么来干什么:L

2. 先来个具体的步骤吧，介电常数是怎么做出来的？我正在做只有一个分子，现在只知道用cosmo，input文件里改介电常数，然后DFT优化，出来一个很大的output，接着就不知道干啥了。。。

其实通过上面各位也知道我实在是菜的很，关键是根本没人带，刚开始做，书还没看多少，所以大家有啥可以推荐的请教教我吧。。。

我现在手头有那个赖文的量子化学英文书，正在从头跟着推导:L

深夜2点半发帖。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-30 11:46
如果是初学，绝对不要用nwchem来起步。从最主流的Gaussian起步才是最快、最好的方法，相关资源很多，用户也多。等Gaussian用熟了，再过渡到其它程序就相对简单了。
介电常数是实验上测出来的，没实验数据就通过分子模拟方式计算。

作者
Author: ElaineShawn 时间: 2014-11-30 19:07

sobereva 发表于 2014-11-30 11:46
如果是初学，绝对不要用nwchem来起步。从最主流的Gaussian起步才是最快、最好的方法，相关资源很多，用户也 ...

谢谢你的回复！我既然已经这样了，那干脆慢慢熬吧，还有个导师一起学呢。

我就是需要模拟计算介电常数的，还是接着去找一些公式资料看看吧。

难道nwchem不好用？为什么连个教程之类都找不到。。。英文的lecture都少的很。

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-30 19:13
nwchem输入文件写法相对复杂，最大特点是跨节点大规模并行效率，而并不是像高斯那种综合向、输入文件简单、能让量子化学进入千家万户的那种程序。其开发者本身也没这个想法。

介电常数的基于分子动力学的计算可以看此文的一些讨论：J. Chem. Theory Comput., 2012, 8 (1), pp 61–74，并不是件容易事。也有其它方式，比如根据分子偶极矩、表面积之类的描述符通过建立QSPR方程来预测的方法。

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)