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标题: 请教聚合物-小分子溶液体系中镜像作用的问题 [打印本页]

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2023-4-15 12:36
标题: 请教聚合物-小分子溶液体系中镜像作用的问题
各位老师好，

我在模拟聚合物在水溶液中的体系，并在盒子中填入了6条重复单元为50的高分子链和10000个水分子，并观察溶液对溶质的溶胀行为

跑NPT系综，cut-off取1.4nm，平衡后的盒子大小在10*10*10nm左右，

我用gmx mindist命令选取全部高分子组并计算溶质和镜像的最短距离，得到最小距离0.2nm左右远小于cut-off，

但我分别选取每条高分子链，并计算溶质和镜像的最短距离，得到最小距离2~3nm左右大于cut-off，

想请问这种情况下该怎么判断溶质到底有无和自身产生作用？

，是否应进一步增加填入溶液分子数量，扩大盒子体积，或者减小每条高分子链的重复单元数，以保证选取高分子链整体时计算的溶质和镜像最小距离大于cut-off

谢谢各位老师解答

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-15 20:03
如果是要求一整团聚合物在溶剂中都处于孤立状态，而完全不与镜像聚合物发生作用，肉眼看一下轨迹就能迅速直观判断，并不需要靠mindist

作者
Author: 高处裹棉被 时间: 2023-4-15 23:43
本帖最后由高处裹棉被于 2023-4-15 23:48 编辑

sobereva 发表于 2023-4-15 20:03
如果是要求一整团聚合物在溶剂中都处于孤立状态，而完全不与镜像聚合物发生作用，肉眼看一下轨迹就能迅速直 ...

谢谢sob老师回答，我观察轨迹发现有几帧聚合物链几乎扩展到盒子边界，和镜像聚合物距离很近，

这样是否说明聚合物上的一条链和镜像聚合物上的另一条链产生了相互作用？

另外想请问这种溶质-溶液体系是否就应该让溶质处于完全孤立状态，我应该进一步扩大盒子体积防止出现轨迹虚假性？

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2023-4-16 00:34

高处裹棉被发表于 2023-4-15 23:43
谢谢sob老师回答，我观察轨迹发现有几帧聚合物链几乎扩展到盒子边界，和镜像聚合物距离很近，

这样是 ...

本质就是浓度问题。如果要模拟理想的稀溶液环境，应该让溶质处于孤立状态，否则在这种溶质是高度柔性的聚合物的情况下不必强求其不与自身镜像相互作用

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