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标题: 求助：统计lammps输出模型中的3-7圆环数量的程序或者脚本 [打印本页]

作者
Author: LGX 时间: 2023-4-11 11:14
标题: 求助：统计lammps输出模型中的3-7圆环数量的程序或者脚本
请问大家有没有见过哪个程序或者脚本能够处理成如下的结果。顺便求助一下有关于统计模型中3-7圆环数量的脚本，感谢大家了
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作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-11 11:47
VMD能直接对不同大小的环以不同方式着色（drawing method = paperchain）
恰当用选择语句写脚本。诸如maxringsize 6 from AAA代表处于AAA中六元环的原子

VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

作者
Author: LGX 时间: 2023-4-11 11:50

sobereva 发表于 2023-4-11 11:47
VMD能直接对不同大小的环以不同方式着色（drawing method = paperchain）
恰当用选择语句写脚本。诸如maxr ...

谢谢sob老师，我这就去看看

作者
Author: LGX 时间: 2023-4-12 12:00

sobereva 发表于 2023-4-11 11:47
VMD能直接对不同大小的环以不同方式着色（drawing method = paperchain）
恰当用选择语句写脚本。诸如maxr ...

老师，这个选择语句怎么从selected atoms里边输入，有没有相应的教程或者脚本什么的。可以改的。ringsize这种选择语句不太会输

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-12 14:16

LGX 发表于 2023-4-12 12:00
老师，这个选择语句怎么从selected atoms里边输入，有没有相应的教程或者脚本什么的。可以改的。ringsize ...

graphics - representation里

作者
Author: LGX 时间: 2023-4-12 15:26

sobereva 发表于 2023-4-12 14:16
graphics - representation里

1.Graphics -representation里边的selections选项中有Singlewords和keyword，我没有找到关于那个ringsize关键词。如果直接在selected atoms里边输入的话提示“the atom selection you typed could not be understood”。
2.那个使用ringsize 5 from AAA，其中这个AAA为自己所构建的模型，我是需要给重新命名嘛
麻烦老师解答一下，这个软件不太会

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-12 18:17

LGX 发表于 2023-4-12 15:26
1.Graphics -representation里边的selections选项中有Singlewords和keyword，我没有找到关于那个ringsize ...

自己手写
2L我给的博文都有极其清楚的例子

作者
Author: LGX 时间: 2023-4-13 20:50

sobereva 发表于 2023-4-12 18:17
自己手写
2L我给的博文都有极其清楚的例子

谢谢老师，解决了。我还想问一下那个统计出来的6元环怎么能输出它的数量，量有点多，数不过来

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-13 21:48

LGX 发表于 2023-4-13 20:50
谢谢老师，解决了。我还想问一下那个统计出来的6元环怎么能输出它的数量，量有点多，数不过来

写脚本，根据拓扑关系算出来环数

作者
Author: LGX 时间: 2023-4-14 09:51

sobereva 发表于 2023-4-13 21:48
写脚本，根据拓扑关系算出来环数

老师，可以给个思路嘛，之前一直没接触过写tcl脚本。我也在看您之前发的有关于tcl的教程，还在学习阶段

作者
Author: lyj714 时间: 2023-4-14 12:40
本帖最后由 lyj714 于 2023-4-14 12:48 编辑

你要想统计各种类型环的数目，必须写脚本或者程序才能够实现的，所以自己必须有一定的编程基础。
思路也有多种，相对容易的就是遍历原子，比如想要识别6元环的数目，就必须以每个原子为基点，根据连接关系找到相连的另一个原子，然后继续寻找下一个和上一个原子相连的原子，依次类推直到到第6个原子，并且第6个原子就是最开始的那个基点，就表明路径封闭，即6元环。等等，其他的也是依次类推，注意剔除重复环。
另外的也可以用其他的算法找环，比如深度优先算法等等都可以

作者
Author: xiaoj 时间: 2023-10-3 09:51

LGX 发表于 2023-4-13 20:50
谢谢老师，解决了。我还想问一下那个统计出来的6元环怎么能输出它的数量，量有点多，数不过来

您好，关于环数量的统计请问解决了吗？我也是只会通过VMD将多元环显示出来，但是具体到统计数量就不会做了。

作者
Author: LGX 时间: 2023-11-8 14:55

xiaoj 发表于 2023-10-3 09:51
您好，关于环数量的统计请问解决了吗？我也是只会通过VMD将多元环显示出来，但是具体到统计数量就不会做 ...

这块的话是采用编程统计出来的

作者
Author: xiaoj 时间: 2023-11-15 20:08

LGX 发表于 2023-11-8 14:55
这块的话是采用编程统计出来的

请问您现在能实现多元环的统计吗？程序能否分享，有偿。

作者
Author: 王邵杰11 时间: 2024-2-21 20:12
您好，请问您关于统计模型中的3-7圆环数目的脚本了么，近期我也遇到了相同问题，方便加个微信咨询一下么，我的微信：19932727003

作者
Author: 1170356417 时间: 2025-4-23 19:32

王邵杰11 发表于 2024-2-21 20:12
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有统计的脚本或方法吗？

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