计算化学公社

标题: 请问如何利用单个环糊精(γCD)构建CD-MOF-1并进行动力学模拟 [打印本页]

作者
Author: clh 时间: 2023-3-20 21:38
标题: 请问如何利用单个环糊精(γCD)构建CD-MOF-1并进行动力学模拟
尝试模拟环糊精金属有机框架（CD-MOF-1）与小分子的相互作用，根据文献Nanoporous Carbohydrate MetalOrganic Frameworks (doi: 10.1021/ja208224f)中所给出的CCDC号(773709)下载得到单个环糊精的结构，想请教如何构建文献中图2c中的(γ-CD)6 units。尝试了用packmol构造，但是一跑就散了。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-21 02:32
packmol根本不是用来构建这种有序结构的
去CCDC下载cif而不是mol2。cif弄到gview等程序里看晶体结构，如果有你能抠出来的单元就抠出来用。如果没有需要的晶体结构，就自己在gview里摆，注意环糊精之间K+离子构成的离子键必须和实际结构里的一致

作者
Author: clh 时间: 2023-3-21 21:09
感谢老师指点。最后用Mercury从cif文件导出了现成的晶体结构。

作者
Author: yuanen 时间: 2024-7-5 11:17

clh 发表于 2023-3-21 21:09
感谢老师指点。最后用Mercury从cif文件导出了现成的晶体结构。

您好，请问能把这个MOF结构共享一下吗，我也是刚接触γ-CD,MOF,我通过CCDC搜索没有找到相关信息，（晶体结构方面刚接触还不了解具体流程）

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)