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标题: 如何对有序度参数随模拟时长的变化进行计算？ [打印本页]

作者
Author: Snown 时间: 2023-2-2 21:45
标题: 如何对有序度参数随模拟时长的变化进行计算？
各位老师好，我在对石蜡的结晶过程开展模拟，在文献中看到可以用石蜡分子的位点序参数（Site Order Parameter）来描述分子排列的有序性，进而对结晶现象进行表征，类似于图中的曲线。但在执行gmx order后xvg文件里出现的横坐标为原子数而不是时间，而且没有数据，想咨询一下这两个问题该如何解决。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-2 23:50
先搞清楚你说的那个有序度参数和gmx order算的量的定义

gmx order算的这个是对原子而言的

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作者
Author: Snown 时间: 2023-2-3 17:56

sobereva 发表于 2023-2-2 23:50
先搞清楚你说的那个有序度参数和gmx order算的量的定义

gmx order算的这个是对原子而言的

谢谢sob老师的回答。
文献中提到的位点序参数和教材中提到的有序度参数是相似的，但我无法得到该参数随模拟时间的变化关系，想请问下老师有什么方法吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-2-4 05:20

Snown 发表于 2023-2-3 17:56
谢谢sob老师的回答。
文献中提到的位点序参数和教材中提到的有序度参数是相似的，但我无法得到该参数随 ...

公式5写了，就是各个位点的算术平均，自己算一下就完了

作者
Author: Snown 时间: 2023-2-4 10:17

sobereva 发表于 2023-2-4 05:20
公式5写了，就是各个位点的算术平均，自己算一下就完了

谢谢sob老师

作者
Author: yjb 时间: 2025-4-1 17:23
您好，我想请问一下这个问题解决了吗？我也遇到类似的问题。

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