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标题: 求助:拉伸动力学中如何设置盒子及pull.mdp文件参数 [打印本页]

作者
Author: Nancylee0416 时间: 2023-1-12 13:59
标题: 求助:拉伸动力学中如何设置盒子及pull.mdp文件参数
本帖最后由 Nancylee0416 于 2023-1-12 14:12 编辑

求助各位大佬，拉伸动力学相关的基础问题。收集到的信息实在有限不知问题在哪一步想求助大家有关于水盒子的设计及pull.mdp使用gromacs2021.1版本，两个蛋白互作后与小分子作用，想分为三组分析分别拉伸其中的较短的蛋白和小分子。参照tutorial之后报错，在论坛中查询说是2019及以上版本的问题。 (, 下载次数 Times of downloads: 111)

1.如何设定盒子的位置和尺寸？
gmx editconf -f complex.gro -o newbox.gro -center 4.102 2.850 9.120 -box 8.204 5.700 20
我根据这个命令先直接输出一个盒子，如图左侧的α螺旋结构是想拉伸的较短蛋白。然后检查位置，手动调整了10多次，盒子大小设定为目前质心坐标x和y值的2倍，长度为拉伸距离的2倍多，不知是否合理？预想把左侧的α螺旋结构向左拉伸，虽然是Z轴方向，但是相当于从20nm拉伸回2nm这个Z轴负方向，这样设定的盒子是否正确？
盒子的设定就是想拉动哪个方向，就把盒子设定到包含这个方向轨迹的区域即可？如何能够调整蛋白结构在盒子中的方向？
(, 下载次数 Times of downloads: 110)

2.第一步准备拓扑文件、第三步添加溶剂和离子，和普通模拟蛋白质及蛋白质-配体动力学的准备过程，其实是完全相同的对吗？
3.Tutorial中直接进行能量最小化和NPT平衡，根据sob老师金属棒两端拉伸的帖子中说可将温控设定去掉，是指这一部分吗？
(, 下载次数 Times of downloads: 105)
4.如果上述报错，附上我的md_pull.mdp即tutorial中的参数文件，修改md_pull.mdp文件，这两个参数应该如何修改呢？
pull-pbc-ref-prev-step-com 以及 pull_group2_pbcatom

能否求助一份gmx-2021.1版能运行的pull.mdp文件，感谢大家！

作者
Author: CruiseBend 时间: 2023-1-13 14:09
1. gmx editconf 很方便调节盒子大小，盒子标准是蛋白不能看到自己的pbc映像就行；
2. 是；
3. 不用去；
4. pull-pbc-ref-prev-step-com =yes
pull_group2_pbcatom 选group2 里面任意一个原子就行

作者
Author: Acee 时间: 2023-1-13 14:54
这里提供一份小分子穿膜的mdp文件，有任何相关问题都可以与我讨论。
这个mdp可以实现在npt的条件下牵引分子穿越细胞膜的过程。
注意：
1.其中牵引类型，我选择了direction。没有使用distance（沿着两个组的向量进行牵引，适合npt或者nvt系综下，分子二聚的采样，以及gmx官网教程所示的例子）和direction-periodic（不使用周期性边界条件对距离进行校正，允许距离超过盒子长度的一半。(只有)通过使用牵引速率连续改变参考位置，将两个组推离开的距离超过盒子长度一半时，才需要这个选项。要用这个，盒子大小就不能变化，故只能用nvt系综。）
2. 此处定义了两个牵引组，一个是SOLU，也就是被牵引过膜的分子，另一个是WAT即是膜另一边的水分子。并且在后面应用了冻结组，将该分子冻结起来保证在整个模拟过程中，WAT组的位置不会发生变化，一直在膜的另一面。以保证分子在牵引过程中可以顺利过膜。
3. 另外针对长方体的盒子，最好使用semiisotropic的控压类型较为合适，并且在pull之前必须要将盒子充分平衡。

作者
Author: mol 时间: 2023-1-14 08:55

Acee 发表于 2023-1-13 14:54
这里提供一份小分子穿膜的mdp文件，有任何相关问题都可以与我讨论。
这个mdp可以实现在npt的条件下牵引分 ...

您好，我看手册上说pull_dim是与distance联用的，如果是direaction的话应该不用设置吧

作者
Author: Nancylee0416 时间: 2023-1-14 17:57
本帖最后由 Nancylee0416 于 2023-1-14 23:54 编辑

CruiseBend 发表于 2023-1-13 14:09
1. gmx editconf 很方便调节盒子大小，盒子标准是蛋白不能看到自己的pbc映像就行；
2. 是；
3. 不用去；
...

非常感谢！
1.您说检查蛋白pbc映像有固定语句吗？我在pymol中观察预留的盒子空间很大这样可以吗？4.pull_group2_pbcatom这是任选一个原子填写原子序号吗因为pull_group2所以不用担心序号重复，对吗？
附上我的修改后mdp文件，还是有如下报错。
(, 下载次数 Times of downloads: 104)
再次感谢！

作者
Author: Nancylee0416 时间: 2023-1-14 18:02
本帖最后由 Nancylee0416 于 2023-1-15 00:00 编辑

Acee 发表于 2023-1-13 14:54
这里提供一份小分子穿膜的mdp文件，有任何相关问题都可以与我讨论。
这个mdp可以实现在npt的条件下牵引分 ...

非常感谢！我参照您的例子修改，但仍有报错回复如上，line70是最后一行了，pressure coupling应该如何修改呢？
还想请问一下，若牵引小分子的路径不是直线，这部分应该如何设定呢？牵引过程中小分子在蛋白口袋中，可以忽略牵引对蛋白的影响吗？

作者
Author: Acee 时间: 2023-1-15 09:45

mol 发表于 2023-1-14 08:55
您好，我看手册上说pull_dim是与distance联用的，如果是direaction的话应该不用设置吧

不用可以注释掉，direction只改vec就行了

作者
Author: Acee 时间: 2023-1-15 09:51

Nancylee0416 发表于 2023-1-14 18:02
非常感谢！我参照您的例子修改，但仍有报错回复如上，line70是最后一行了，pressure coupling应该如何修 ...

我这里只是提供一个思路，你需要根据自己的需求对控温，控压进行更改，比如控温算法，组，控压算法，组。
是不是直线无关紧要，可以忽略

作者
Author: Acee 时间: 2023-1-15 09:55

Nancylee0416 发表于 2023-1-14 17:57
非常感谢！
1.您说检查蛋白pbc映像有固定语句吗？我在pymol中观察预留的盒子空间很大这样可以吗？4.pul ...

1. 检查蛋白与其镜像的距离的命令：gmx mindist -f xxx.xtc -s xxx.tpr -pi
2. 可以，不过可能得多次调试，你可以生成一个pull的tpr看看整个牵引路径到底有多长，在考虑更改盒子大小
3. 不用管这一步

作者
Author: Nancylee0416 时间: 2023-1-16 11:56
本帖最后由 Nancylee0416 于 2023-1-16 12:34 编辑

Acee 发表于 2023-1-15 09:55
1. 检查蛋白与其镜像的距离的命令：gmx mindist -f xxx.xtc -s xxx.tpr -pi
2. 可以，不过可能得多次调 ...

真的特别感谢！
调整过后mdp文件运行正确了，给大家作以参考。
1.水盒子的设定还得请问一下，牵引路径我的理解根据pull设定的拉伸速度（pull_coord1_rate = 0.01 ; 0.01 nm per ps = 10 nm per ns）以及模拟时间（dt = 0.002 乘nsteps = 500000 总时间dt*nsteps相乘）1ns 会拉伸10nm，所以把盒子设置为20。如此报错，显然是盒子设置小了。只计算了质心移动的距离，忽略了蛋白质边缘到质心的距离对吗？如果将盒子的长度调整为拉伸距离的三倍长度，这样会不会过大？
(, 下载次数 Times of downloads: 106)

2.我是在vmd中手动旋转蛋白结构来调整，让牵引的部分尽量在盒子左端，进行正向拉伸。
在文献中看到有的实验可调节两个组质心连线向量平行于z轴，再做模拟。这种有相关的命令语句吗？

作者
Author: yangjunfang 时间: 2023-6-14 19:04

CruiseBend 发表于 2023-1-13 14:09
1. gmx editconf 很方便调节盒子大小，盒子标准是蛋白不能看到自己的pbc映像就行；
2. 是；
3. 不用去；
...

您好，我想问一下，您说pull_group2_pbcatom选择任意一个原子就行，我是随机选了一个原子，但是一步也没法执行就会如下错误

--------
Distance between pull groups 1 and 2 (3.131596 nm) is larger than 0.49 times
the box size (2.930891).

请问这个应该怎么解决啊，pull_group2_pbcatom和pull-pbc-ref-prev-step-com具体代表什么意思啊？

作者
Author: yangjunfang 时间: 2023-6-14 19:05

Nancylee0416 发表于 2023-1-16 11:56
真的特别感谢！
调整过后mdp文件运行正确了，给大家作以参考。
1.水盒子的设定还得请问一下，牵引路径 ...

您好，请问您上面的错误解决了吗？

作者
Author: m韩梅梅 时间: 2023-7-28 17:37

yangjunfang 发表于 2023-6-14 19:04
您好，我想问一下，您说pull_group2_pbcatom选择任意一个原子就行，我是随机选了一个原子，但是一步也没 ...

您好请问您的这种报错解决了吗我遇到了和您一样的错误

作者
Author: yl233 时间: 2023-9-20 11:16

m韩梅梅发表于 2023-7-28 17:37
您好请问您的这种报错解决了吗我遇到了和您一样的错误

你好，请问解决了吗？我也遇到一样的问题了

作者
Author: V55 时间: 2025-6-12 16:40

Acee 发表于 2023-1-13 14:54
这里提供一份小分子穿膜的mdp文件，有任何相关问题都可以与我讨论。
这个mdp可以实现在npt的条件下牵引分 ...

你好，我想问下就是我跑完拉伸之后我的小分子在vmd里面演示的过程中结构会被拉伸开，有几个分子会分开，这是怎么回事？是我的pull.mdp文件设置的问题吗，还是有其他的问题？

作者
Author: Acee 时间: 2025-6-18 12:27

V55 发表于 2025-6-12 16:40
你好，我想问下就是我跑完拉伸之后我的小分子在vmd里面演示的过程中结构会被拉伸开，有几个分子会分开， ...

你是做的什么体系?

作者
Author: V55 时间: 2025-6-20 10:56

Acee 发表于 2025-6-18 12:27
你是做的什么体系?

我做的是小分子在磷脂层中的拉伸模拟

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