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标题: lammps案例中用GreenKubo公式计算导热系数的方法，输入文件为何将体积放在分母上 [打印本页]

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Author: Poly_Maohua 时间: 2022-12-29 10:40
标题: lammps案例中用GreenKubo公式计算导热系数的方法，输入文件为何将体积放在分母上
本帖最后由 Poly_Maohua 于 2022-12-29 10:45 编辑

请问各位老师，
lammps利用GreenKubo方法计算导热系数的案例，输入文件如下

# Sample LAMMPS input script for thermal conductivity of solid Arunits    real
variable T equal 70
variable V equal vol
variable dt equal 4.0
variable p equal 200    # correlation length
variable s equal 10    # sample interval
variable d equal $p*$s # dump interval# convert from LAMMPS real units to SI
variable kB equal 1.3806504e-23 # [J/K] Boltzmann
variable kCal2J equal 4186.0/6.02214e23
variable A2m equal 1.0e-10
variable fs2s equal 1.0e-15
variable convert equal ${kCal2J}*${kCal2J}/${fs2s}/${A2m}# setup problem
dimension 3
boundary    p p p
lattice    fcc 5.376 orient x 1 0 0 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1
region    box block 0 4 0 4 0 4
create_box 1 box
create_atoms 1 box
mass       1 39.948
pair_style lj/cut 13.0
pair_coeff * * 0.2381 3.405
timestep    ${dt}
thermo    $d# equilibration and thermalization
velocity    all create $T 102486 mom yes rot yes dist gaussian
fix       NVT all nvt temp $T $T 10 drag 0.2
run       8000# thermal conductivity calculation, switch to NVE if desired#unfix    NVT#fix       NVE all nve
reset_timestep 0
compute    myKE all ke/atom
compute    myPE all pe/atom
compute    myStress all stress/atom NULL virial
compute    flux all heat/flux myKE myPE myStress
variable    Jx equal c_flux[1]/vol
variable    Jy equal c_flux[2]/vol
variable    Jz equal c_flux[3]/vol
fix       JJ all ave/correlate $s $p $d &          c_flux[1] c_flux[2] c_flux[3] type auto file J0Jt.dat ave running
variable    scale equal ${convert}/${kB}/$T/$T/$V*$s*${dt}
variable    k11 equal trap(f_JJ[3])*${scale}
variable    k22 equal trap(f_JJ[4])*${scale}
variable    k33 equal trap(f_JJ[5])*${scale}
thermo_style custom step temp v_Jx v_Jy v_Jz v_k11 v_k22 v_k33
run       100000
variable    k equal (v_k11+v_k22+v_k33)/3.0
variable    ndens equal count(all)/vol
print       "average conductivity: $k[W/mK] @ $T K, ${ndens} /A\^3"
我的问题是，在划线的一行，为什么体积V是在分母上呢？无论是根据Lammps官网，还是文献，这个体积都应该在分子上。我猜想可能是哪个参数包含了V，这里要把多乘的体积除去，但是又不知道具体是为什么。能不能麻烦老师们帮我解答一下？非常感谢

作者
Author: Poly_Maohua 时间: 2022-12-31 17:43
我想自己頂一下。。。請教一下上面這個問題

作者
Author: Jiya_abbc 时间: 2025-1-7 11:56
想必这个问题楼主已经解决了，最近刚入手学习做分子动力学模拟，这个体积V应该是热流J(t)的计算公式里有V,但Lammps计算热流的过程实际没有计算V,而是放在了后面划线这一步计算，所以分母出现V平方和原有分子上的V约去后剩下一个V在分母上。但最近一直有个疑问困扰我，单位转换计算convert的公式为什么是${kCal2J}*${kCal2J}/${fs2s}/${A2m}这样呢，时间项为什么在分母，而且分母上是V, 长度单位转换不应该出现三次方出现吗？按照我的理解，我觉得convert公式应该这样，convert equal ${kCal_to_J}*${kCal_to_J}*${fs_to_s}/${A_to_m}/${A_to_m}/${A_to_m},但我看到很多地方的公式都是前者，不明白是我哪里理解的有问题，希望楼主看到回复，也求路过的大神或者老师们赐教，感谢感谢

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