计算化学公社

标题: 求助计算每一帧的自由体积以及原子分布的描述 [打印本页]

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Author: xinyoulingxi 时间: 2022-11-30 22:36
标题: 求助计算每一帧的自由体积以及原子分布的描述
老师您好，如果我想算轨迹文件每一帧的自由体积，Multiwfn我该怎么设置，或者有其他办法？另外，自由体积周围原子分布的描述（比如周围原子种类数量分布，配位数等）有没有什么好的表征方法或者思路，应该怎么操作，感谢帮助

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-1 07:00
先把轨迹文件拆分成单帧结构文件（比如对于GROMACS，可以用gmx trjconv结合-sep）。怎么写脚本批量计算，看此文
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

“自由体积周围原子分布”指代不明。至少拿具体体系、实际问题说事

作者
Author: xinyoulingxi 时间: 2022-12-26 21:57

sobereva 发表于 2022-12-1 07:00
先把轨迹文件拆分成单帧结构文件（比如对于GROMACS，可以用gmx trjconv结合-sep）。怎么写脚本批量计算，看 ...

老师，自由体积的分布，比如模型空洞的大小及不同大小孔洞的数量分布，这个该怎么分析?"自由体积周围的原子分布"这个我想算的是玻璃模型，比如钠钙硅玻璃，想知道空隙周围的原子分布状态，类似于径向分布函数分析？我该怎么做？谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-26 23:11

xinyoulingxi 发表于 2022-12-26 21:57
老师，自由体积的分布，比如模型空洞的大小及不同大小孔洞的数量分布，这个该怎么分析?"自由体积周围的原 ...

下文提到的功能可以给出孔洞数目、各个孔洞的尺寸，允许用gro、带晶胞信息的pdb文件等作为输入文件
使用Multiwfn可视化分子孔洞并计算孔洞体积
http://sobereva.com/408（http://bbs.keinsci.com/thread-9331-1-1.html）

“自由体积周围原子分布”问题得自己写分析脚本，比如VMD里的tcl脚本。会写脚本就没有分析不了的

作者
Author: xinyoulingxi 时间: 2022-12-27 21:32

sobereva 发表于 2022-12-26 23:11
下文提到的功能可以给出孔洞数目、各个孔洞的尺寸，允许用gro、带晶胞信息的pdb文件等作为输入文件
使用 ...

好的，谢谢老师，我试试

作者
Author: xinyoulingxi 时间: 2023-1-2 17:56

sobereva 发表于 2022-12-26 23:11
下文提到的功能可以给出孔洞数目、各个孔洞的尺寸，允许用gro、带晶胞信息的pdb文件等作为输入文件
使用 ...

老师还有个问题，同一个模型用Multiwfn中300的功能算出来的自由体积和使用200功能算出来的域孔洞体积的和是不是相等的？因为我是先用300的功能做了自由体积可视化的图，然后再想分析不同尺寸自由体积的累积体积百分数，这两个结果不一样的话结果可能会不可靠。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-3 03:52

xinyoulingxi 发表于 2023-1-2 17:56
老师还有个问题，同一个模型用Multiwfn中300的功能算出来的自由体积和使用200功能算出来的域孔洞体积的和 ...

“300的功能” 、“200功能” 指代不明。说清楚什么主功能的什么子功能

作者
Author: xinyoulingxi 时间: 2023-1-3 18:07

sobereva 发表于 2023-1-3 03:52
“300的功能” 、“200功能” 指代不明。说清楚什么主功能的什么子功能

《使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域》（http://sobereva.com/539）和《使用Multiwfn计算晶体结构中自由区域的体积、图形化展现自由区域》（http://sobereva.com/617）就是老师这两篇文章里用到的功能

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-6 08:59

xinyoulingxi 发表于 2023-1-3 18:07
《使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域》（http://sobereva.com/539）和《使用M ...

这两篇文章都只用了主功能300的子功能1

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Author: xinyoulingxi 时间: 2023-1-10 23:30

sobereva 发表于 2023-1-6 08:59
这两篇文章都只用了主功能300的子功能1

说错了老师，我想问的是这个文章《使用Multiwfn可视化分子孔洞并计算孔洞体积》（http://sobereva.com/408）中使用200中功能计算的孔洞体积的和和这个文章《使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域》（http://sobereva.com/539）中使用300功能计算的孔洞自由体积是不是相等？这两个有什么联系，之前问的时候写错了，不好意思

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-12 06:56

xinyoulingxi 发表于 2023-1-10 23:30
说错了老师，我想问的是这个文章《使用Multiwfn可视化分子孔洞并计算孔洞体积》（http://sobereva.com/40 ...

不相等。
主功能300那个计算自由体积的时候是根据原子范德华半径定义的体系的范德华表面，在其以外就是自由区域。
而《使用Multiwfn可视化分子孔洞并计算孔洞体积》里是基于原子孤立状态密度叠加而成的promolecular密度等值面定义的范德华表面。
因此两种方法的范德华表面定义不同，自由体积数值肯定有差异。

作者
Author: xinyoulingxi 时间: 2023-1-12 11:36

sobereva 发表于 2023-1-12 06:56
不相等。
主功能300那个计算自由体积的时候是根据原子范德华半径定义的体系的范德华表面，在其以外就是 ...

那老师如何用范德华半径定义的体系的范德华表面按200的功能分析空洞尺寸大小和不同空洞的数量分布，就是相当于对300计算的自由体积结果做一个对于空洞尺寸和不同尺寸空洞数量的精细分析

作者
Author: sobereva 时间: 2023-1-13 06:21

xinyoulingxi 发表于 2023-1-12 11:36
那老师如何用范德华半径定义的体系的范德华表面按200的功能分析空洞尺寸大小和不同空洞的数量分布，就是 ...

没法实现

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Author: luogaoyang123 时间: 2023-3-27 15:44
兄弟解决了吗？

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