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标题: 提问：石墨烯表面加入羰基，opls力场适合用来描述羰基吗？ [打印本页]

作者
Author: WAyue 时间: 2022-11-22 09:47
标题: 提问：石墨烯表面加入羰基，opls力场适合用来描述羰基吗？
老师们好
1、我做的有机质吸附，在做石墨烯两相吸附时，石墨烯壁面加入含氧官能团羰基，opls力场我知道是适合有机质的，但是加入羰基后没找到opls力场没找到合适的势参数，所以请教一下opls力场能用来描述带羰基的石墨烯壁面吗？不行的话我就要考虑换其他力场。
2、请问各位老师，带含氧官能团羰基的石墨烯壁面做吸附模拟，有推荐的力场吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-23 00:24
OPLS-AA、GAFF等普通有机力场不会恰好有专门适合的参数描述这种情况
这类偏离普通有机体系显著的情况，可以用Gaussian、ORCA对带羰基的石墨烯片段做优化和振动分析，结合sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop#）去得到适合的力场参数（平衡键长键角二面角、力常数）。

作者
Author: WAyue 时间: 2022-11-23 11:07

sobereva 发表于 2022-11-23 00:24
OPLS-AA、GAFF等普通有机力场不会恰好有专门适合的参数描述这种情况
这类偏离普通有机体系显著的情况，可 ...

好的谢谢社长！

我去试一下

作者
Author: WAyue 时间: 2022-11-23 19:31

sobereva 发表于 2022-11-23 00:24
OPLS-AA、GAFF等普通有机力场不会恰好有专门适合的参数描述这种情况
这类偏离普通有机体系显著的情况，可 ...

社长，请问一下ligpargen可以得到opls力场中羰基适合的力场参数吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-24 00:59

WAyue 发表于 2022-11-23 19:31
社长，请问一下ligpargen可以得到opls力场中羰基适合的力场参数吗

没法像sobtop一样针对具体化学环境基于Hessian计算出参数，而只能指认库里的参数，没有正好专门适合石墨烯上的羰基的。

作者
Author: WAyue 时间: 2022-11-24 09:12

sobereva 发表于 2022-11-24 00:59
没法像sobtop一样针对具体化学环境基于Hessian计算出参数，而只能指认库里的参数，没有正好专门适合石墨 ...

好的感谢社长答复

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