计算化学公社

标题: 剑桥晶体数据库中下载的结构存在大量水分子该如何解决 [打印本页]

作者
Author: LZH1999 时间: 2022-10-18 13:26
标题: 剑桥晶体数据库中下载的结构存在大量水分子该如何解决
老师们好，学生在利用剑桥晶体数据库下载的一个MOF结构文件中存在着较多的水分子，可能作者是在水环境下进行的计算，请问一下有什么办法能快速清理这些水分子吗？或者老师能推荐一些讲解水环境对计算产生影响的文章吗？

作者
Author: 含光君 时间: 2022-10-18 13:58
MaterialsStudio中按名称/元素选中原子delete即可。
溶剂模型对研究结构性质显然具有重要影响，不考虑溶剂模型时实际计算的是真空环境下的性质。

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2022-10-18 14:41
提醒：删了水再优化晶体结构可能会变掉。比如某些共晶含能材料分子与分子间就是通过水形成的氢键网络连接才能成型的

作者
Author: 风起~ 时间: 2022-10-18 15:25
你有api么，那个python接口好像可以比较方便的去掉水，你看一下手册

作者
Author: 乐平 时间: 2022-10-18 20:23
如果仅仅是去掉水分子的话，你可以用 VMD 打开 cif 文件。

然后在主功能界面中点击 Graphics ——> Representations
(, 下载次数 Times of downloads: 33)

在弹出的 Graphical Representations 窗口中，删除 all ，填入 not waters，注意是复数 waters ，然后回车

(, 下载次数 Times of downloads: 36)

这样就能将所有水分子全隐藏。

接下来，回到 VMD 主功能界面，在结构信息上点击鼠标右键。在弹出的对话框中选择 Save Coordinates。
(, 下载次数 Times of downloads: 36)

在弹出的对话框中选择 File Type 类型，比如可以存为 POSCAR
(, 下载次数 Times of downloads: 37)

(, 下载次数 Times of downloads: 32)

希望对你有帮助

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-19 01:08
如果这些水都是带着氢的，而且发现VMD里用water选择语句可以选中这部分，则save coordinate的时候selected atoms输入not water，然后保存

如果这些水是不带氢的（X光衍射得到的大多都是如此），这些水就相当于是未成键的单个氧原子，VMD里保存时选择语句用not {oxygen and numbonds=0}

不熟悉选择语句的话看
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

作者
Author: LZH1999 时间: 2022-10-19 01:55

含光君发表于 2022-10-18 13:58
MaterialsStudio中按名称/元素选中原子delete即可。
溶剂模型对研究结构性质显然具有重要影响，不考虑溶剂 ...

收到，谢谢老师，老师的派蒙头像相当可爱呀！

作者
Author: LZH1999 时间: 2022-10-19 01:56

ABetaCarw 发表于 2022-10-18 14:41
提醒：删了水再优化晶体结构可能会变掉。比如某些共晶含能材料分子与分子间就是通过水形成的氢键网络连接 ...

收到，多谢老师的提醒，学生后续会注意一下计算体系对水分子的要求。

作者
Author: LZH1999 时间: 2022-10-19 01:57

风起~ 发表于 2022-10-18 15:25
你有api么，那个python接口好像可以比较方便的去掉水，你看一下手册

收到，多谢老师，我去看一看！

作者
Author: LZH1999 时间: 2022-10-19 01:57

乐平发表于 2022-10-18 20:23
如果仅仅是去掉水分子的话，你可以用 VMD 打开 cif 文件。

然后在主功能界面中点击 Graphics ——> Repr ...

哇，多谢老师！相当清晰了，学生这就学习一下试一试！

作者
Author: LZH1999 时间: 2022-10-19 01:59

sobereva 发表于 2022-10-19 01:08
如果这些水都是带着氢的，而且发现VMD里用water选择语句可以选中这部分，则save coordinate的时候selected ...

收到，多谢老师！学生去学习一下选择语句，多谢老师指点！

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