计算化学公社

标题: 三斜晶系的rdf如何统计 [打印本页]

作者
Author: Daisy_zju 时间: 2022-10-14 16:22
标题: 三斜晶系的rdf如何统计
本帖最后由 Daisy_zju 于 2022-10-16 23:37 编辑

最近在做一个三斜晶系的MD模拟，得到的轨迹分别有xtc和pdb的格式，发现没有合适的脚本可以对三斜体系的RDF进行分析（VMD只能分析正交体系，GROMACS的rdf不知道是需要特殊处理还是不能处理三斜晶系，得到的曲线一直上升），请教论坛的各位老师是否有办法解决这个问题？谢谢！
未处理的gmx rdf得到的RDF图：
(, 下载次数 Times of downloads: 13)
盒子的xyz信息：
(, 下载次数 Times of downloads: 12)
附近是我的盒子的POSCAR文件（轨迹文件太大了无法上传）。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-14 20:33
gmx rdf应当是可以的，注意gmx对盒子要求必须满足v1(y)=v1(z)=v2(z)=0，即盒子第一个矢量必须平行于X方向，第二个矢量必须在XY平面上。

作者
Author: Daisy_zju 时间: 2022-10-16 23:31

sobereva 发表于 2022-10-14 20:33
gmx rdf应当是可以的，注意gmx对盒子要求必须满足v1(y)=v1(z)=v2(z)=0，即盒子第一个矢量必须平行于X方向， ...

感谢sob老师回复！
想请教一下老师如果盒子不满足条件的情况下该如何处理？我的盒子v1(y) v1(z) v2(z)都是0.02或0.003这个量级，之前没有对盒子进行处理，做出来的RDF图一直升高（图片和文件重新编辑在题目中了），麻烦老师指点！

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)