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标题: 求助gmx+plumed计算速度相比没有使用plumed大幅下降 [打印本页]

作者
Author: CruiseBend 时间: 2022-10-14 15:17
标题: 求助gmx+plumed计算速度相比没有使用plumed大幅下降
老师们好，我现在想使用gmx+plumed对一个8w原子的体系跑metaD，但是出现了计算速度相比与没有使用plumed大幅下降的情况（下降超过50%），也查看不到什么经验，请老师们帮忙看看
mdrun参数:
mpirun -n 4 gmx_mpi mdrun -v -deffnm Pro2 --nsteps 10000 -rdd 1.2 -ntomp 5 -pme gpu -npme 1 -pin on -bonded gpu -dlb yes -plumed plumedgtp.dat
时间cost：如图

一方面是plumed耗时太高，total有26多，感觉正常的一般是2？
一方面是PME wait for PP太高了（试了下把PME分配到gpu，更慢了；如果用CPU算bonded并且关闭dlb也会更慢）
请大家看看如何解决

作者
Author: CruiseBend 时间: 2022-10-14 17:28
问题已解决，主要是last这个group设置的太大了

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