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标题: 求助：兼容Drude力场的gromacs编译及联用plumed的问题 [打印本页]

作者
Author: 小熊也有梦想 时间: 2022-10-12 23:51
标题: 求助：兼容Drude力场的gromacs编译及联用plumed的问题
各位老师好，请问兼容Drude力场的gromacs可以联用plumed并且编译mpi和gpu版本吗？
1.下载gromacs-drude并解压进入目录后，plumed patch -p没有对应版本，

2.编译时输入指令cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/soft/gmx-drude -DGMX_MPI=ON  CC=mpicc CXX=mpicxx -DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/soft/cuda-10.0后报错，
报错信息：
CMake Error at cmake/gmxOptionUtilities.cmake:79 (message):
  Invalid value for GMX_SIMD: .  Pick one of: None, SSE2, SSE4.1,
  AVX_128_FMA, AVX_256, AVX2_256, AVX_512F, AVX_512ER, MIC, ARM_NEON,
  ARM_NEON_ASIMD, IBM_QPX, IBM_VMX, IBM_VSX, Sparc64_HPC_ACE, Reference
Call Stack (most recent call first):
  CMakeLists.txt:229 (gmx_option_multichoice)

不知道有没有什么解决办法呢？希望各位老师赐教，谢谢！

作者
Author: k64_cc 时间: 2022-10-13 11:26
我能给的最好的建议就是别用它，用一些阳间的东西跑，比如NAMD和OpenMM。

作者
Author: 小熊也有梦想 时间: 2022-10-13 20:55

k64_cc 发表于 2022-10-13 11:26
我能给的最好的建议就是别用它，用一些阳间的东西跑，比如NAMD和OpenMM。

感谢老师回复！目前在学习OpenMM和NAMD了，但是目前了解到的信息是Open MM好像没有mpi版本，NAMD联用plumed只能跑NVT模拟。请问老师知道OpenMM怎么编译mpi版本跑mpi任务吗？

作者
Author: k64_cc 时间: 2022-10-14 10:25

小熊也有梦想发表于 2022-10-13 20:55
感谢老师回复！目前在学习OpenMM和NAMD了，但是目前了解到的信息是Open MM好像没有mpi版本，NAMD联用plum ...

为什么非要跑MPI版本，是没有显卡吗？

NAMD联用Plumed只能跑NVT这个说法非常奇怪，建议查证一下。以及都用NAMD了为什么还要用Plumed，colvar不行吗？

作者
Author: 小熊也有梦想 时间: 2022-10-14 18:05

k64_cc 发表于 2022-10-14 10:25
为什么非要跑MPI版本，是没有显卡吗？

NAMD联用Plumed只能跑NVT这个说法非常奇怪，建议查证一下。以及 ...

老师，我跑的是副本交换，好像必须用mpi？
关于NAMD我再去查证一下，感谢老师！

作者
Author: k64_cc 时间: 2022-10-15 10:07

小熊也有梦想发表于 2022-10-14 18:05
老师，我跑的是副本交换，好像必须用mpi？
关于NAMD我再去查证一下，感谢老师！

gmx的REMD才要MPI，OpenMM不需要。NAMD应该都可以，不应该有差别。

作者
Author: tzypla 时间: 2023-11-25 00:28
你好，你能分享一下你下载的gromacs-drude的安装包吗，我下载不了

作者
Author: yuhai 时间: 2025-8-4 11:19
请教一下，这个drude版本能用吗

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