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标题: 教程例5 获得MMFF94电荷报错（sobtop_1.0(dev3.1)） [打印本页]

作者
Author: yygong 时间: 2022-7-29 12:29
标题: 教程例5 获得MMFF94电荷报错（sobtop_1.0(dev3.1)）

电脑系统Win 10

下载sobtop_1.0(dev3.1).zip解压至C盘

下载win版的OpenBabel-3.1.1-x64.exe

https://github.com/openbabel/openbabel/releases/tag/openbabel-3-1-1

OpenBabel-3.1.1安装至C盘完毕后，把sobtop目录下的sobtop.ini里的OpenBabel_cmd设为OpenBabel可执行文件的实际路径

OpenBabel_cmd= "C:\OpenBabel-3.1.1\obabel.exe"

重启电脑

重复例5：产生聚合度为40的氯丁二烯聚合物的拓扑文件

启动Sobtop，然后输入
examples\polymer\Neoprene_40.mol2
7 //设置原子电荷
5 //MMFF94电荷，此处出现报错，如下：

Running: C:\OpenBabel-3.1.1\obabel.exe"C:\sobtop\examples\polymer\Neoprene_40.mol2" -omolreport--partialcharge MMFF94 > OpenBabel_out.txt 2> NUL

DeletingOpenBabel_out.txt

Error: Calculation ofMMFF94 atomic charges was failed! Perhaps because there are elements notsupported by this method

另外，用苯甲酸甲酯mol2文件，重复上面步骤也会出现一样的报错，具体输入如下，

examples\Methyl_benzoate\Methyl_benzoate.mol2

7 //设置原子电荷
5 //MMFF94电荷

作者
Author: 牧生 时间: 2022-7-29 13:30
本帖最后由牧生于 2022-7-29 13:38 编辑

你先试试把sobtop文件夹放在D盘试试呢？
我刚试了一下，非常正常且顺利
Running: C:\OpenBabel-3.1.1\obabel.exe "F:\sobtop_1.0(dev3.1)\examples\polymer\Neoprene_40.mol2" -omolreport --partialcharge MMFF94 > OpenBabel_out.txt 2> NUL
Deleting OpenBabel_out.txt

Calculation is successful. Current atom charges:

你载入mol2文件的时候，有没有什么特别的提示

作者
Author: yygong 时间: 2022-7-29 15:14

牧生发表于 2022-7-29 13:30
你先试试把sobtop文件夹放在D盘试试呢？
我刚试了一下，非常正常且顺利
Running: C:\OpenBabel-3.1.1\ob ...

谢谢你的回复，我试了sobtop换到D盘，我明天换台电脑再试一试

作者
Author: yygong 时间: 2022-7-29 15:32
换一台电脑没有问题，原来的办公电脑不知道抽啥风

作者
Author: PLwang 时间: 2025-8-2 14:58
我今天也遇到了同样的问题。后面通过调整路径名称解决了这个问题。请一定要确保使用的任何路径，不包括中文、空格、字符、括号等等。
我将目录从

C:\Program Files\OpenBabel-3.1.1\obabel.exe

调整为

C:\OpenBabel\obabel.exe

就没有这个问题了

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