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标题: 求助QE一般能够计算的原子总数 [打印本页]

作者
Author: 相信永远的雪 时间: 2022-7-19 01:05
标题: 求助QE一般能够计算的原子总数
请问QE是否能够计算600多个原子的结构呢？我使用400个核，发现1小时1个电子步都没有动。

VASP可以很轻松计算这个case。

QE输入文件如下：

&CONTROL
calculation = 'relax'
nstep  = 1000 ! ion relax step
title = 'pwscf'
restart_mode = 'from_scratch'
outdir = './'
prefix = 'pwscf'
wf_collect = .false.
pseudo_dir = './'
pseudo_dir = 'pseudo/ONCV',
etot_conv_thr = 1.0D-6
forc_conv_thr = 1.0D-6
tstress = .true.
tprnfor = .true.
/
&SYSTEM
ibrav = 0
nat=       656
ntyp=          6
ecutwfc = 50
ecutrho = 400
occupations = 'smearing'
degauss = 0.001
smearing = 'gaussian'
nosym =.TRUE. !no symmetry
input_dft='PBE'
vdw_corr='DFT-D3'
/
&ELECTRONS
electron_maxstep = 250
conv_thr = 1.0D-10
diagonalization = 'david' ! 'cg'
mixing_mode = 'plain', ! default: 'plain'
/
  &IONS
ion_dynamics = 'bfgs'
!pot_extrapolation = 'second_order'
!wfc_extrapolation = 'second_order'
/
&CELL
cell_dynamics = 'bfgs'
!press_conv_thr = 0.1
/
ATOMIC_SPECIES
C  12.01 C_ONCV_PBE-1.2.upf
N  14.01 N_ONCV_PBE-1.2.upf
H  1.008 H_ONCV_PBE-1.2.upf
Pb 207.2 Pb_ONCV_PBE-1.2.upf
I  126.9 I_ONCV_PBE-1.2.upf
Cs 132.9 Cs_ONCV_PBE-1.2.upf

K_POINTS crystal
1
0 0 0 1 #band edge at gamma point

CELL_PARAMETERS (angstrom)
  24.7917575836 0 0
  0  24.7502574874 0
  0 0 25.1272659217

ATOMIC_POSITIONS (crystal)
  C 0.1250191180 0.1250365080 0.3901285530
  C 0.1250191180 0.1250365080 0.8901285530

...

请大家帮忙指出问题/意见，谢谢！

作者
Author: 876449830 时间: 2022-7-19 08:05
QE好像不太适合做优化。

作者
Author: 丁越 时间: 2022-7-19 09:22
400个核可真是太豪横了。把模型减小，这么多原子算除了cp2k能轻松肝动外，其他的程序就挺费劲了。

作者
Author: ChemG 时间: 2022-7-19 09:26
QE优化确实比较慢，而且还没用对称性肯定更慢了，这么大的体系用黑科技CP2K多好。

作者
Author: leeru 时间: 2022-7-20 18:02
话说600原子的话，100核的小集群也不是很快

作者
Author: leeru 时间: 2022-7-20 18:04
我是用的cp2k，自己组的集群就100核

作者
Author: 相信永远的雪 时间: 2022-7-23 07:50

丁越发表于 2022-7-19 09:22
400个核可真是太豪横了。把模型减小，这么多原子算除了cp2k能轻松肝动外，其他的程序就挺费劲了。

VASP还是比较快的。CP2K也可以。但是我需要用到一个特殊的方法（electron occupation setting），这个方法h好像只能在QE上用。

作者
Author: gog 时间: 2022-7-23 09:02

相信永远的雪发表于 2022-7-23 07:50
VASP还是比较快的。CP2K也可以。但是我需要用到一个特殊的方法（electron occupation setting），这个方 ...

没法建议。体系这么大，还不用对称性。

作者
Author: 相信永远的雪 时间: 2022-7-23 11:39

ChemG 发表于 2022-7-19 09:26
QE优化确实比较慢，而且还没用对称性肯定更慢了，这么大的体系用黑科技CP2K多好。

请问可以用VASP优化结构，然后把优化后的结构用QE做静态计算吗？
因为我需要设置electron occupation，VASP没有这个功能，QE有。

作者
Author: wth1219 时间: 2022-7-23 12:08
亲测512个原子的体系、80 Ry的CUTOFF，72核的单点计算还是算得动的。

作者
Author: 七尺贱 时间: 2022-7-23 13:03
400核？！！！这么多核并行

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-7-23 13:03

相信永远的雪发表于 2022-7-23 11:39
请问可以用VASP优化结构，然后把优化后的结构用QE做静态计算吗？
因为我需要设置electron occupation，V ...

你要electron occupation的什么选项？如果是展宽设置其实其他程序大体上都差不多，如果要约束占据数，VASP有FERWE和FERDO的字段。

作者
Author: wth1219 时间: 2022-7-23 13:25

七尺贱发表于 2022-7-23 13:03
400核？！！！这么多核并行

非常怀疑就是因为并行的核太多了才跑不动的……

作者
Author: 七尺贱 时间: 2022-7-23 13:57

wth1219 发表于 2022-7-23 13:25
非常怀疑就是因为并行的核太多了才跑不动的……

好奢侈，没有这么多计算资源可以用，最多也就72核并行

作者
Author: 相信永远的雪 时间: 2022-7-23 22:02

卡开发发发表于 2022-7-23 13:03
你要electron occupation的什么选项？如果是展宽设置其实其他程序大体上都差不多，如果要约束占据数，VAS ...

谢谢！

作者
Author: 相信永远的雪 时间: 2022-7-23 23:22

wth1219 发表于 2022-7-23 13:25
非常怀疑就是因为并行的核太多了才跑不动的……

我测试了一个80个原子的体系：
4个节点160个核：1h 10个离子步
1个节点40个核： 1h 2个离子步

并行还是快很多的

作者
Author: 相信永远的雪 时间: 2022-7-23 23:27

wth1219 发表于 2022-7-23 12:08
亲测512个原子的体系、80 Ry的CUTOFF，72核的单点计算还是算得动的。

您好，可以指导一下我的输入文件或者提交脚本是不是有可以调整的地方呢？

我更换了potential，现在400核，15分钟可以跑一个电子步。但是感觉也很慢。

我的提交脚本如下：
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=10
#SBATCH --ntasks=400
#SBATCH --time=1:00:00
#SBATCH --job-name pvsk

ulimit -u 10000;
cd $SLURM_SUBMIT_DIR

module purge
module load NiaEnv/2018a
module load intel/2017.7
module load intelmpi/2017.7

export PATH=/gpfs/fs0/scratch/Softwares/qe-6.2.1-19-1-8/bin:$PATH

mpirun pw.x < pwscf.in > qe.out

作者
Author: ChemG 时间: 2022-7-25 09:27

相信永远的雪发表于 2022-7-23 11:39
请问可以用VASP优化结构，然后把优化后的结构用QE做静态计算吗？
因为我需要设置electron occupation，V ...

我感觉你说的应该是展宽，VASP也有呀；如果是设置整体电荷，QE和VASP均有。要说QE有而VASP（不改源代码）没有的：优化2D、X射线吸收等等。剩下的QE和VASP相似度很高。看了你的参数，也没啥非得QE来算的。QE确实是挺慢的，大几十个原子我一般就不咋喜欢用QE优化了

作者
Author: 相信永远的雪 时间: 2022-7-26 02:19

ChemG 发表于 2022-7-25 09:27
我感觉你说的应该是展宽，VASP也有呀；如果是设置整体电荷，QE和VASP均有。要说QE有而VASP（不改源代码） ...

谢谢。我是想计算2D slab中charged defect。Huixiong deng / S.H wei 发展了一种计算方法，他们修改了QE源代码，但是他们的方法目前只能在QE上使用。VASP 普通方法计算2D charged defect发散。

作者
Author: gswylq 时间: 2022-12-18 11:18
本帖最后由 gswylq 于 2022-12-18 11:20 编辑

我用两个tesla K80显卡+QE7.1, 80个原子（无对称性）2*2*2的K点，单点能计算，4分钟完成（收敛精度1.0e-9），如果只用12个cpu，不用gpu计算则需要30分钟。现在QE和VASP尽量用GPU并行吧，计划服务器再加两块K80。

作者
Author: rabbitkiller 时间: 2022-12-18 20:30

相信永远的雪发表于 2022-7-23 23:27
您好，可以指导一下我的输入文件或者提交脚本是不是有可以调整的地方呢？

我更换了potential，现在400 ...

输出文件开头部分的信息能贴出来看看么？

QE的跨节点并行好像需要指定npool等等参数的，这个QE的官方教程里专门有讲，建议好好去翻翻看。

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