计算化学公社

标题: 求问关于愈创木酚分子的3D计算模型问题 [打印本页]

作者
Author: jbgande 时间: 2022-4-29 15:18
标题: 求问关于愈创木酚分子的3D计算模型问题
(, 下载次数 Times of downloads: 50) (, 下载次数 Times of downloads: 62) 如图，两个网站所查结构不一，在算对愈创木酚进行相关理论计算时用哪个更好？还是说这种有机物由于其羟基和甲氧基的转动所需要跨越的能垒较低所以哪种结构都可以使用？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-29 15:28
关心这个没意义，这种网站上的结构基本都是经验方式生成的，下文说了，实际计算前你肯定先得优化
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569

作者
Author: ionexchangeC 时间: 2022-4-29 15:40
做构象搜索是最好的

作者
Author: jbgande 时间: 2022-4-30 12:07

sobereva 发表于 2022-4-29 15:28
关心这个没意义，这种网站上的结构基本都是经验方式生成的，下文说了，实际计算前你肯定先得优化
实验测定 ...

谢谢社长，如果我只是建立在催化的应用计算上的话，对已知的可能构型进行优化，取最低能量进行吸附计算，还是需要像您文章中推荐的期刊内对目标有机物的结构进行探索？换句话说，第一种方式可能得不到真正意义上该有机物在体系内的最稳定构型，而只是相对稳定，那这种相对稳定的构型研究表面催化是否有相应的意义？

作者
Author: jbgande 时间: 2022-4-30 12:09

ionexchangeC 发表于 2022-4-29 15:40
做构象搜索是最好的

谢谢您的回复，请问老师这种构想搜索在哪里以什么方式可以实现呢？有没有相应的资料或者论文可以提供参考

作者
Author: Ferrocene 时间: 2022-4-30 14:17
没看出来哪不一了，这种简单的小分子跑个几何优化也就够了，没必要做构象搜索

作者
Author: exity 时间: 2022-4-30 17:28
这两个结构有哪里不一样了？T_T

作者
Author: chands 时间: 2022-4-30 17:59

exity 发表于 2022-4-30 17:28
这两个结构有哪里不一样了？T_T

我猜他们是说把甲氧基和羟基扭一扭。做个角度扫描？

作者
Author: jbgande 时间: 2022-4-30 19:30
本帖最后由 jbgande 于 2022-4-30 19:33 编辑

Ferrocene 发表于 2022-4-30 14:17
没看出来哪不一了，这种简单的小分子跑个几何优化也就够了，没必要做构象搜索

只是甲基和羟基中氢的旋转角度不一样

作者
Author: jbgande 时间: 2022-4-30 19:30
本帖最后由 jbgande 于 2022-4-30 19:33 编辑

exity 发表于 2022-4-30 17:28
这两个结构有哪里不一样了？T_T

只是甲基和羟基中氢的旋转角度不一样

作者
Author: 牧生 时间: 2022-4-30 19:37
遇到过相似问题，看第五楼 http://bbs.keinsci.com/thread-28435-1-1.html

chemspider的结构式可能会更合理一些，只是可能，最好的办法还是自行做一个优化，然后再看是否合理。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-4-30 20:00

jbgande 发表于 2022-4-30 05:09
谢谢您的回复，请问老师这种构想搜索在哪里以什么方式可以实现呢？有没有相应的资料或者论文可以提供参考

可以用molclus，参见http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

作者
Author: jbgande 时间: 2022-4-30 20:05

牧生发表于 2022-4-30 19:37
遇到过相似问题，看第五楼 http://bbs.keinsci.com/thread-28435-1-1.html

chemspider的结构式可能会 ...

谢谢您的回复，我已经做过两者的结构优化，其最终都可以收敛到不同旋转角度羟基和甲基所对应的能量极小值点，最终能量差异也在0.1%以内。我师兄的说法是，常温中该物质的这两个基团就会自己转来转去，能垒较小，并且也因此，不同计算精度算下来的最稳定构型也不一致。像这些基团不同旋转角度带来的影响在如金属表面催化体系内是可以忽略的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-1 14:19

jbgande 发表于 2022-4-30 12:09
谢谢您的回复，请问老师这种构想搜索在哪里以什么方式可以实现呢？有没有相应的资料或者论文可以提供参考

构型和构象搜索程序Molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-1 14:21

jbgande 发表于 2022-4-30 20:05
谢谢您的回复，我已经做过两者的结构优化，其最终都可以收敛到不同旋转角度羟基和甲基所对应的能量极小值 ...

“最终能量差异也在0.1%以内”这是非常外行的描述，没有任何意义
要说具体相差多少kJ/mol或kcal/mol

选择恰当的方法，有机体系构象能量差算到1 kcal/mol误差以内的精度不是难事。仔细看我前面贴的那些基于molclus做构象搜索的帖子里的例子里是怎么算的。
诸如 “不同计算精度算下来的最稳定构型也不一致” 这种说法没有任何意义，除非构象能量就相差零点几kcal/mol那种程度，否则用常见的、像样的计算级别给你算出来的自由能最低的构象都是一致的。低精度、不恰当的计算级别的计算结果根本就没有考虑的意义，什么也说明不了。

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