计算化学公社

标题: gmx_MMPBSA能否用于dna和配体小分子的自由能计算 [打印本页]

作者
Author: 不想读啦 时间: 2022-4-9 10:23
标题: gmx_MMPBSA能否用于dna和配体小分子的自由能计算
请问一下大家，由于我老师的要求，我需要计算MMGBSA，这个时候gmx_mmpbsa 已经不足以满足要求；
因此，我在论坛里找到了gmx_MMPBSA的方法，我主要是计算单链dna和配体小分子的结合自由能，请问这个方式适用吗，我在网站的例子中并没有找到这方面的描述
此外，由于我是第一次做这方面，老师要求我使用比较主流的方法，请问该方法的使用会被质疑吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-4-9 11:15
gmx_MMPBSA是计算程序（https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/），不是计算方法
MM/PBSA、MM/GBSA才叫计算方法
MM/GBSA可以用，但如果MM/PBSA结果不理想，而且计算方式合理，用MM/GBSA也不会有多大希望，本来MM/PBSA就比MM/GBSA严格得多，MM/GBSA适合的是MM/PBSA算不动的场合。

作者
Author: 不想读啦 时间: 2022-4-9 13:42

sobereva 发表于 2022-4-9 11:15
gmx_MMPBSA是计算程序（https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/），不是计算方法
MM/PBSA、MM/ ...

好的，谢谢老师

作者
Author: lele123 时间: 2025-7-28 10:46

sobereva 发表于 2022-4-9 11:15
gmx_MMPBSA是计算程序（https://valdes-tresanco-ms.github.io/gmx_MMPBSA/），不是计算方法
MM/PBSA、MM/ ...

社长，请问gmx_mmpbsa可以计算DNA双链间的结合力吗？我看官网的例子中没有，所以不太确定

作者
Author: jackshoulder 时间: 2025-7-28 14:07

lele123 发表于 2025-7-28 10:46
社长，请问gmx_mmpbsa可以计算DNA双链间的结合力吗？我看官网的例子中没有，所以不太确定

可以，你把AB链单独分组，然后计算AB链之间的结合自由能即可，这个我之前算过。

作者
Author: lele123 时间: 2025-7-28 18:53

jackshoulder 发表于 2025-7-28 14:07
可以，你把AB链单独分组，然后计算AB链之间的结合自由能即可，这个我之前算过。

谢谢，其实我也用它算了。但是官网只有蛋白和蛋白/配体/DNA/糖的例子，所以我不太确定它这个程序是否适合计算DNA和DNA之间的结合力

作者
Author: jackshoulder 时间: 2025-7-28 21:42

lele123 发表于 2025-7-28 18:53
谢谢，其实我也用它算了。但是官网只有蛋白和蛋白/配体/DNA/糖的例子，所以我不太确定它这个程序是否适合 ...

按照这种思路，没有问题的

作者
Author: lele123 时间: 2025-7-29 14:25

jackshoulder 发表于 2025-7-28 21:42
按照这种思路，没有问题的

好的谢谢

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