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标题: Gaussian下用amber=hardfirst优化DNA分子时出现问题，求教 [打印本页]

作者
Author: lou_cheung 时间: 2014-11-17 10:43
标题: Gaussian下用amber=hardfirst优化DNA分子时出现问题，求教
一开始我是按照amber官网上面的方法生成DNA分子，打算进行QM/MM计算，不过我想单独在Gaussian下先优化这么一条DNA链的话，总是会出现microiteration的错误：
...
  9997 0 0 F F  1.48D-02 0.00244077 0.00017469 0.00043906 0.00020418 -1.5110593 --++
  9998 0 0 F T  2.46D+00 0.00219739 0.00017808 0.03022039 0.01400697 -1.5110593 ----
  9999 0 0 F F  3.30D-02 0.00219739 0.00017808 0.00099823 0.00046268 -1.5111819 ----
10000 0 0 F T  2.62D+00 0.00244303 0.00017528 0.03107755 0.01446964 -1.5111820 XXXX
MM microiterations failed.
Error termination via Lnk1e in /users/kezhf3/Gaussian09/l402.exe at Mon Nov 17 09:26:39 2014.
Job cpu time:    0 days  0 hours 36 minutes 53.3 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    13 Int=    0 D2E=    0 Chk=    1 Scr=    1

输入文件部分是这样的
# opt amber=hardfirst geom=connectivity

dna1

-30 1
H-HO-0.442200(PDBName=HO5P,ResName=DC5,ResNum=1) 0 26.44399500 -8.85646200 -1.09920500 L

...
O-OH--0.654900(PDBName=O3P,ResName=DG3,ResNum=32) 0 24.78624500 7.47243700 3.71947500 L
H-HO-0.439600(PDBName=HO3P,ResName=DG3,ResNum=32) 0 25.62711100 7.26007600 4.12100700 L

1 2 1.0
2 3 1.0
3 4 1.0 5 1.0 6 1.0
4
5

这个问题我一直都解决不了，请问各位朋友，这个问题究竟出现在哪，是在AMBER处理DNA分子出现问题，还是gaussian本身这样处理存在问题？谢谢！

PS. 曾经怀疑过是气相环境下有问题，不过加了scrf之后就out-of-memory了。

作者
Author: sobereva 时间: 2014-11-17 11:05
Gaussian不适合干这个。直接用amber优化DNA比高斯里面用amber力场快得多也可靠得多。力场没法结合SCRF，那是量化用的溶剂模型。amber力场下要考虑溶剂就在amber程序里用GB模型。

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