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标题: 请教MD盒子与周期镜像问题 [打印本页]

作者
Author: 一条君 时间: 2022-2-18 23:28
标题: 请教MD盒子与周期镜像问题
本帖最后由一条君于 2022-2-19 00:39 编辑

体系是十几条链状低聚物与水的混合液，低聚物长约4nm，初始建模时立方盒子有8nm，与边界距离大于cutoff，但是npt过程中盒子变成了约4nm，没有约束平动转动，用mindist查看最小距离只有0.1nm<cutoff，（1）请问盒子尺寸发生变化不能保证边界距离时应该如何操作避免镜像作用呢？谢谢~
（2）老师说过立方盒子不需要担心旋转问题，所以是不是和旋转没关系
（3）加真空层对吗？感觉不是最优方法，谢谢各位老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-19 14:05
既然盒子尺寸减小了一倍，就用gmx genconf把当前模拟完的盒子各个方向平移复制一次还原成8nm长度的盒子继续跑

作者
Author: 一条君 时间: 2022-2-21 00:30
本帖最后由一条君于 2022-2-21 00:32 编辑

sobereva 发表于 2022-2-19 14:05
既然盒子尺寸减小了一倍，就用gmx genconf把当前模拟完的盒子各个方向平移复制一次还原成8nm长度的盒子继续 ...

请问老师，对应的top文件改成这样对吗，重复写8次，和复制的gro结构对应，谢谢
[ molecules ]
; Compound       nmols
am 20
h2o  1045
am 20
h2o  1045
am 20
h2o  1045
am 20
h2o  1045
am 20
h2o  1045
am 20
h2o  1045
am 20
h2o  1045
am 20
h2o  1045

作者
Author: sobereva 时间: 2022-2-21 20:15

一条君发表于 2022-2-21 00:30
请问老师，对应的top文件改成这样对吗，重复写8次，和复制的gro结构对应，谢谢
[ molecules ]
; Compou ...

对

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