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标题: DPD模拟参数设置问题 [打印本页]

作者
Author: LYL941 时间: 2022-1-21 16:09
标题: DPD模拟参数设置问题
各位大佬，在盒子中能设置多条粗粒化模型吗？另求关于MS DPD的教程，有偿获取。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-21 19:19
说清楚具体什么程序，以及到底做什么的模拟
M$用DPD跑得动的东西换成免费的gromacs在GPU加速下全原子（或联合原子）都可能跑得动，没绝对必要甭用DPD

作者
Author: LYL941 时间: 2022-1-22 13:24
本帖最后由 LYL941 于 2022-1-22 13:28 编辑

sobereva 发表于 2022-1-21 19:19
说清楚具体什么程序，以及到底做什么的模拟
M$用DPD跑得动的东西换成免费的gromacs在GPU加速下全原子（或 ...

我是使用MS的mesocite模块进行高分子聚合物的DPD模拟，只用了一条链，目前模拟计算的速度非常快，模拟完毕后粗粒化模型从盒子内扩张出来特别大范围。我没有经过系统的学习，全是自己摸索着来的，不知道模拟的过程中有没有参数设置错误的地方

作者
Author: LYL941 时间: 2022-1-22 13:26
C:\Users\Administrator\DesktopC:\Users\Administrator\Desktop这是模拟前后模型的状态

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-22 14:46
跑这么个体系用免费的GROMACS跑轻而易举，精度和可靠性还明显好于用DPD。对此体系用M$做DPD属于穷折腾，到时候还得花很多钱买M$，还容易遭质疑，到时候还极有可能被审稿人质问干嘛不用全原子力场跑。
如果是参考的老文章，趁早扔了，当年拿粗糙、经验性很强的DPD跑的模拟如今靠GPU加速全原子或联合原子力场跑起来都没有难度。
而且就算最后要跑有大量聚合物的很大体系，真的全原子跑着太费劲，还可以用粗粒化力场（如MARTINI力场，在GROMACS里跑聚合物的例子http://cgmartini.nl/index.php/tutorials-general-introduction-gmx5/martini-tutorials-polymers-gmx5），参数弄到GROMACS里直接就能用。就算退一万步，必须用DPD，那也应该优先考虑用比如主流且免费的lammps的DPD功能。不管从什么角度看，也轮不到用M$那个又贵又慢又极度非主流的DPD模块。

作者
Author: 牧生 时间: 2022-1-22 15:12
现身说法：当初放弃M$，转入gromacs，是我学术生涯中最正确的一次选择。

作者
Author: lonemen 时间: 2022-1-22 16:37

sobereva 发表于 2022-1-22 14:46
跑这么个体系用免费的GROMACS跑轻而易举，精度和可靠性还明显好于用DPD。对此体系用M$做DPD属于穷折腾，到 ...

谢谢社长推荐！

作者
Author: LYL941 时间: 2022-1-23 12:34

sobereva 发表于 2022-1-22 14:46
跑这么个体系用免费的GROMACS跑轻而易举，精度和可靠性还明显好于用DPD。对此体系用M$做DPD属于穷折腾，到 ...

您好，我的等级低无法私聊您发消息，不知道能否给我一个QQ、微信或者手机号的联系方式？我想向您请教一下关于MS和GROMACS做高分子聚合模拟的问题。

作者
Author: LYL941 时间: 2022-1-23 12:49

sobereva 发表于 2022-1-22 14:46
跑这么个体系用免费的GROMACS跑轻而易举，精度和可靠性还明显好于用DPD。对此体系用M$做DPD属于穷折腾，到 ...

您好，我昨天没叙述清楚，我是使用DPD来模拟高分子聚合物的微相分离结构，不知道使用GROMACS能否模拟的出来？另外我申请加入3群了，麻烦您通过一下吧

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-23 13:25

LYL941 发表于 2022-1-23 12:49
您好，我昨天没叙述清楚，我是使用DPD来模拟高分子聚合物的微相分离结构，不知道使用GROMACS能否模拟的出 ...

当然可以

作者
Author: lixiao 时间: 2024-9-25 11:07

LYL941 发表于 2022-1-23 12:49
您好，我昨天没叙述清楚，我是使用DPD来模拟高分子聚合物的微相分离结构，不知道使用GROMACS能否模拟的出 ...

怎么加入群我也想加入

作者
Author: lixiao 时间: 2024-9-25 11:09
DPD 模拟就只能是数密度为3，用nvt体系吗？不能换密度或者npt吗？真诚想知道答案啊
感谢感谢啊

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