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标题: 用gromacs做离子液体和水的相平衡，选择gaff力场和spce可以吗，好做吗 [打印本页]

作者
Author: qiyan 时间: 2022-1-15 09:47
标题: 用gromacs做离子液体和水的相平衡，选择gaff力场和spce可以吗，好做吗
完全新手小白，想了解一下大概的相平衡模拟流程

作者
Author: sobereva 时间: 2022-1-16 05:58
标题不能代替帖子内容
不要把要问的光写到标题里

对于标题里的问题，答案是可以

作者
Author: JCenter 时间: 2025-2-24 22:12
本帖最后由 JCenter 于 2025-2-25 02:33 编辑

sobereva 发表于 2022-1-16 05:58
标题不能代替帖子内容
不要把要问的光写到标题里

卢老师，我有一个疑问：一个体系内有有机分子也有水，有机分子使用gaff力场，默认截断半径为1nm.而水模型，像spc/e的截断半径0.9nm,opc的截断半径为0.8nm,这种情况下，动力学参数中的截断半径以哪个为主，或者说怎么考虑呢

作者
Author: sobereva 时间: 2025-2-25 12:09

JCenter 发表于 2025-2-24 22:12
卢老师，我有一个疑问：一个体系内有有机分子也有水，有机分子使用gaff力场，默认截断半径为1nm.而水模型 ...

优先用溶质的力场的设置，这是最关键的，当前重点不是描述水之间的相互作用

作者
Author: JCenter 时间: 2025-2-25 15:07

sobereva 发表于 2025-2-25 12:09
优先用溶质的力场的设置，这是最关键的，当前重点不是描述水之间的相互作用

好嘞，明白啦，感谢卢老师

作者
Author: xishaofan 时间: 2025-4-23 16:35

sobereva 发表于 2025-2-25 12:09
优先用溶质的力场的设置，这是最关键的，当前重点不是描述水之间的相互作用

卢老师，对于gaff2力场也是优先使用默认截断半径1.0nm吗？看到好多文献使用1.2nm和1.4nm，说有利于计算界面张力更准确，我自己测试相差5%左右，这个影响算大吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-4-23 21:25

xishaofan 发表于 2025-4-23 16:35
卢老师，对于gaff2力场也是优先使用默认截断半径1.0nm吗？看到好多文献使用1.2nm和1.4nm，说有利于计算界 ...

是
一般来说尽量用原文的cutoff，除非严格的测试表明略大的cutoff就是有益精度。5%不大不小，关键取决于你的研究重点，如果是想比如横测不同力场的好坏，那就是很值得一提的事。

作者
Author: xishaofan 时间: 2025-4-24 10:30

sobereva 发表于 2025-4-23 21:25
是
一般来说尽量用原文的cutoff，除非严格的测试表明略大的cutoff就是有益精度。5%不大不小，关键取决于 ...

好的，谢谢卢老师！

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