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标题: 溶剂化后蛋白和配体分子不在盒子中心 [打印本页]

作者
Author: vandenberg 时间: 2021-11-7 13:23
标题: 溶剂化后蛋白和配体分子不在盒子中心
各位老师，我按照教程做的蛋白溶剂化，gmx editconf -f complex.gro -o newbox.gro -c -bt dodecahedron -d 1.0gmx solvate -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro
发现蛋白配体复合物偏到了盒子一角，
上一步editconf构建盒子的时候已经加了-c，为什么还这样呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-11-8 22:25
如果想观看方便，就用矩形盒子，没必要为了省那么点计算量非要用12面体盒子

作者
Author: vandenberg 时间: 2021-11-9 11:23
好的谢谢老师

作者
Author: vandenberg 时间: 2021-11-15 12:03
各位老师关于这个问题继续提问，模拟好之后轨迹文件中如果有设置不当引起的盒子之间的跳跃，会影响后续的分析吗？
比如说两个原子之间的距离之类的分析，还是说只是个显示问题，并不影响实际的结果，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-3 06:28

vandenberg 发表于 2021-11-15 12:03
各位老师关于这个问题继续提问，模拟好之后轨迹文件中如果有设置不当引起的盒子之间的跳跃，会影响后续的 ...

看具体什么程序做的分析
如果分析工具考虑了PBC就没关系

作者
Author: Ziyi 时间: 2025-3-7 10:41
老师溶剂化后配体分子不在盒子中心，有什么影响吗

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