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标题: 怎么得到这个.pot_fmt文件 [打印本页]

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Author: zyj19831206 时间: 2016-1-24 00:39
标题: 怎么得到这个.pot_fmt文件
按照教材那么设置，添加了那条语句，按照要求run files, 但是所得到的文件中没有以这个为扩展名的文件,无法计算平均势能，请高手赐教。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-1-24 01:08
1、xsd文件处于激活状态下，在castep的calculation选项卡中设置好计算参数以及在job control中勾选retain server files；
2、点击calculation选项卡中的files-save files，产生计算工作目录，激活*.param文件，在其中加入WRITE_FORMATTED_POTENTIAL: TRUE；
3、激活*.param文件的状态下在castep的calculation选项卡中files-run files，计算开始进行；
4、计算完成后在MS中job explorer中右键计算完成的任务-remote control，会自动激活网页浏览器，里面有计算产生的所有文件，找到*..pot_fmt右键另存为到工作目录即可。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2016-1-24 02:44

卡开发发发表于 2016-1-24 01:08
1、xsd文件处于激活状态下，在castep的calculation选项卡中设置好计算参数以及在job control中勾选retain s ...

#!perl

use strict;
use Getopt::Long;
use MaterialsScript qw(:all);

my $doc=$Documents{"Layer.xsd"};
my $z;
my $slice=$doc->unitcell->slices("slice1");
for($z=0;$z<1;$z+=0.001)
{$slice->sliceFractionPosition=Point(X=>0.5,Y=>0.5,z=>$z);
PRINT $slice->sliceMappedMean,"\n";}
想用这个脚本计算异质结结构的平均势能，应该怎么操作？我把两个文件放在一个文件夹，得到了一个错误。
There is no function or property named "unitcell" on type "Document" at -e line 10.

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-1-24 16:31
需要将电势文件在Analysis导出到xsd文件当中，然后建立一个Slice，名称得叫"Slice1"，然后再运行脚本。你可能没有把静电势导出并建立Slice。这个是以前回答别人的http://emuch.net/bbs/viewthread. ... =1&target=blank可以做参考，最多再多对z做个平均。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2016-1-24 18:41
本帖最后由 zyj19831206 于 2016-1-24 20:06 编辑

卡开发发发表于 2016-1-24 16:31
需要将电势文件在Analysis导出到xsd文件当中，然后建立一个Slice，名称得叫"Slice1"，然后再运行脚本。你可 ...

终于可以了，那个书的代码是有缺憾的，只能计算纵坐标，你写的是能同时计算横坐标和纵坐标的的，应该是：#!perl

use strict;
use Getopt::Long;
use MaterialsScript qw(:all);

my $doc=$Documents{"MoS2.xsd"};
my $z;
my $lengthC = $doc->Lattice3D->LengthC;
my $slice=$doc->UnitCell->Slices("Slice1");
for($z=0.0;$z<1;$z+=0.001)
{$slice->SliceFractionalPosition=Point(X=>0.5, Y=>0.5, Z=>$z);
print $z*$lengthC,"\t",$slice->SliceMappedMean,"\n";}

作者
Author: zyj19831206 时间: 2016-7-13 16:30

卡开发发发表于 2016-1-24 16:31
需要将电势文件在Analysis导出到xsd文件当中，然后建立一个Slice，名称得叫"Slice1"，然后再运行脚本。你可 ...

那在异质结中，不同的物质的平均势能怎么获得？貌似运用这个程序只能得到整体的平均势能。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-7-13 17:07

zyj19831206 发表于 2016-7-13 16:30
那在异质结中，不同的物质的平均势能怎么获得？貌似运用这个程序只能得到整体的平均势能。

这我不清楚，主要不知道两个物质的分界面怎么进行划分电势，如果知道划分的方式，分界面隔开的两部分各自做平均应该就行了。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2016-7-13 17:36

卡开发发发表于 2016-7-13 17:07
这我不清楚，主要不知道两个物质的分界面怎么进行划分电势，如果知道划分的方式，分界面隔开的两部分各自 ...

李明宪的书里运用的是moving-slab averaging这个工具来实现的，不知道具体怎么搞。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-7-13 18:46

zyj19831206 发表于 2016-7-13 17:36
李明宪的书里运用的是moving-slab averaging这个工具来实现的，不知道具体怎么搞。

哦，这样就很清楚了，划分是按照原有bulk的尺寸来估计的（也就是a和b的值）。知道划分的话只要对a和b的两个区域分别对Vavrg_a(z)和Vavrg_b(z)对z数值积分除以高度就行，当然，粗略一点的话直接数值平均也成。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2016-7-13 22:37

卡开发发发表于 2016-7-13 18:46
哦，这样就很清楚了，划分是按照原有bulk的尺寸来估计的（也就是a和b的值）。知道划分的话只要对a和b的两 ...

是不是还需要编程什么的？那个程序只是得到平均值？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-7-14 00:11
本帖最后由卡开发发于 2016-7-14 00:13 编辑

zyj19831206 发表于 2016-7-13 22:37
是不是还需要编程什么的？那个程序只是得到平均值？

里面的z应该不是变量，否则Varvg(z)就不是个定值了。最简单的处理就是直接对z∈a or b进行平均：

c=a or b
Vavrg(z∈c)=1/c*∫_(z-c/2~z+c/2) Vavrg(z')dz={∫_(z-c/2~z+c/2) Vavrg(z')dz'}/{∫_(z-c/2~z+c/2)dz'}
如果按照△z等间隔的矩形方法来数值积分，离散化之后
{∫_(z-c/2~z+c/2) Vavrg(z')dz'}→∑_(z-c/2~z+c/2) Vavrg(z')△z
{∫_(z-c/2~z+c/2)dz'}→∑_(z-c/2~z+c/2)△z=Nc△z，Nc是z-c/2~z+c/2的格点数目
Vavrg(z∈c)=∑_(z-c/2~z+c/2) Vavrg(z')△z/Nc△z=∑_(z-c/2~z+c/2) Vavrg(z')/Nc，其实也就是第一次平均得到的曲线在z∈c取平均，间隔△z不太大的情况下，误差应该不会很大。要想结果好点的话，可以写个程序，或者excel也能实现（以前见到过有用excel做RK的）。

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