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标题: 求助：在能量最小化时遇到Atomtype not found问题 [打印本页]

作者
Author: wangdafeixh 时间: 2021-10-29 15:00
标题: 求助：在能量最小化时遇到Atomtype not found问题
通过ATB生成小分子文件，下载了gromos54a7力场文件
在进行能量最小化gmx grompp -f em.mdp -c complex_SOL.gro -p topol.top -o em.tpr
出现错误Atomtype HS14 not found
查看力场文件atomtypes.atp中包含HS14
但在ffnonbonded.itp中HS14的参数为0，不知道问题是不是出在这，请各位老师帮我解答一下

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-29 18:56
这是ATB开发者基于GROMOS力场自己扩展的原子类型，必须在top里include ATB网站上提供的扩展版GROMOS力场包

作者
Author: wangdafeixh 时间: 2021-10-29 19:20
本帖最后由 wangdafeixh 于 2021-10-29 19:50 编辑

sobereva 发表于 2021-10-29 18:56
这是ATB开发者基于GROMOS力场自己扩展的原子类型，必须在top里include ATB网站上提供的扩展版GROMOS力场包

sob老师，我用的gromos54a7力场文件就是在ATB网站上保存的

作者
Author: 绪山真寻 时间: 2024-2-22 19:19

wangdafeixh 发表于 2021-10-29 19:20
sob老师，我用的gromos54a7力场文件就是在ATB网站上保存的

您好，我也遇到了这个问题，想自己修改力场文件，请问您解决了吗

作者
Author: 王肖索 时间: 2025-4-10 19:18
楼主问题解决了吗？

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