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标题: 用MS跑MD做动画的问题 [打印本页]

作者
Author: 茶味果冻 时间: 2016-1-19 20:20
标题: 用MS跑MD做动画的问题
用MS做经典分子动力学的计算，下图的东西是MS中控制动画播放停止以及快进快退等的功能，那么问题来了，我的计算时间不长设置的是1.2fs，总共跑了1.2ns，我现在想得到240ps、480ps、720ps、960ps时的快照图，具体该怎么做呢，Animation options设置中，只有 frame的设置，这个怎么和时间关联上？还有 Playback speed的只有拉条，也没说拉条下边每一个竖条代表正常速度的几倍？求教，翻看一下午的help也没有解决，help里面对 Animati Options dialog中对这一部分说明很模糊，

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-20 02:27
保存多少帧和你自己设的保存帧时候的步数间隔有关
看你图上有201帧，相当于6ps保存一帧，所以看240ps的话应该是第1+240/6=41帧

那个拉条没有什么物理意义，只是影响看的时候的效果。

作者
Author: 茶味果冻 时间: 2016-1-21 20:51

sobereva 发表于 2016-1-20 02:27
保存多少帧和你自己设的保存帧时候的步数间隔有关
看你图上有201帧，相当于6ps保存一帧，所以看240ps的话 ...

好的，非常感谢老师的回答，

作者
Author: 茶味果冻 时间: 2016-1-27 21:03

sobereva 发表于 2016-1-20 02:27
保存多少帧和你自己设的保存帧时候的步数间隔有关
看你图上有201帧，相当于6ps保存一帧，所以看240ps的话 ...

老师，像文献中下图的扩散系数是表面距离的函数，这样的图是怎么做出来的呢？我会用MSD来求出扩散系数，下面这样的图需要自己划定区域求出区域内的扩散系数，然后再拟合出来嘛？比方说我求出距离表面每2angstrom 各个区域内的扩散系数，得到一系列的点然后再自己拟合。希望老师能指点一二，不胜感激

作者
Author: sobereva 时间: 2016-1-27 21:10

茶味果冻发表于 2016-1-27 21:03
老师，像文献中下图的扩散系数是表面距离的函数，这样的图是怎么做出来的呢？我会用MSD来求出扩散系数， ...

这就只能自己写脚本或程序来进行统计分析了

作者
Author: 茶味果冻 时间: 2016-1-27 21:23

sobereva 发表于 2016-1-27 21:10
这就只能自己写脚本或程序来进行统计分析了

好的，非常感谢老师的回答

作者
Author: 茶味果冻 时间: 2016-2-19 11:22

sobereva 发表于 2016-1-27 21:10
这就只能自己写脚本或程序来进行统计分析了

老师您好！我做MD计算，采用的NVT系综，初始条件那里设置的压强是0Gpa，但是在计算结束后显示，压强不为0 还有负值，这该怎么解释呢下图，是由于计算过程中温度的波动变化引起的嘛，0.01Gpa的压强就是很大的压强了，这对结果有什么影响嘛，从计算的结果来看除了扩散系数比较大其它的均是正常的

，谢谢老师的阅读，希望老师能指点一二

作者
Author: sobereva 时间: 2016-2-19 14:53

茶味果冻发表于 2016-2-19 11:22
老师您好！我做MD计算，采用的NVT系综，初始条件那里设置的压强是0Gpa，但是在计算结束后显示，压强不为0 ...

NVT的话设压强没有意义，本身不会控压，只不过能监控压力的变化而已。压强有这样的值并不意外。

作者
Author: 茶味果冻 时间: 2016-2-19 17:26

sobereva 发表于 2016-2-19 14:53
NVT的话设压强没有意义，本身不会控压，只不过能监控压力的变化而已。压强有这样的值并不意外。

好的，非常感谢老师的解答

作者
Author: lei234 时间: 2018-9-21 02:57
您好，我想看MD过程中的每一步结构变化，要怎么看呢？可以直接在MS里看吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-9-21 20:43

lei234 发表于 2018-9-21 02:57
您好，我想看MD过程中的每一步结构变化，要怎么看呢？可以直接在MS里看吗？

MS跑的轨迹在MS的界面里就能看
其它程序跑的轨迹一般用VMD看。MS的轨迹也可以导出成VMD能认的格式用VMD看，如
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
http://sobereva.com/143

作者
Author: lei234 时间: 2018-9-25 03:01

sobereva 发表于 2018-9-21 20:43
MS跑的轨迹在MS的界面里就能看
其它程序跑的轨迹一般用VMD看。MS的轨迹也可以导出成VMD能认的格式用VMD ...

谢谢！
我是用vasp跑的，要怎么用VMD看呢？

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