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标题: 求助蛋白-蛋白对接哪种工具好，对接结果怎样筛选 [打印本页]

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Author: 阳台的茵蒂克丝 时间: 2021-8-9 18:34
标题: 求助蛋白-蛋白对接哪种工具好，对接结果怎样筛选
本帖最后由阳台的茵蒂克丝于 2021-8-9 18:38 编辑

如题，我在做蛋白-蛋白对接时使用了hawdock、zdock、gramm-x、cluspro2.0、Frodock、swarmdock等工具，发现对接的结果千差万别。请问各位老师我该怎样从这些结果中筛选最接近实际的构象呢？如果没有很好地筛选方法那么目前蛋白-蛋白对接认可度最高的对接工具是哪个呢？（我要对接的蛋白只知道可以结合但不知道结合位点在哪儿）

作者
Author: sobereva 时间: 2021-8-9 19:33
建议看看
http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/capri/capri.html
https://zlab.umassmed.edu/zdock/benchmark.shtml

作者
Author: 夜航星 时间: 4 day ago

sobereva 发表于 2021-8-9 19:33
建议看看
http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/capri/capri.html
https://zlab.umassmed.edu/zdock/benchmark.s ...

老师，现在alphafold3出了，蛋白-蛋白的分子对接工具是否可以考虑只用一个alphafold3就够了？

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Author: sobereva 时间: 4 day ago

夜航星发表于 2025-8-18 09:01
老师，现在alphafold3出了，蛋白-蛋白的分子对接工具是否可以考虑只用一个alphafold3就够了？

J. Chem. Inf. Model. 2025, 65, 6446−6469
看看这篇蛋白质-蛋白质对接综述

作者
Author: student0618 时间: 4 day ago

夜航星发表于 2025-8-18 09:01
老师，现在alphafold3出了，蛋白-蛋白的分子对接工具是否可以考虑只用一个alphafold3就够了？

也要考虑用途，AF3无论在线还是本地版都限制非商业用途，以及不可用AF3结果作training data。

在线版的条款还加上不可把结果用在Automated system 如autodock。

在线版条款
https://alphafoldserver.com/terms

本地版条款
https://github.com/google-deepmi ... HTS_TERMS_OF_USE.md
https://github.com/google-deepmi ... BITED_USE_POLICY.md
https://github.com/google-deepmi ... PUT_TERMS_OF_USE.md

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