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标题: ONIOM输入文件格式问题 [打印本页]

作者
Author: 知黑守白 时间: 2021-7-23 02:16
标题: ONIOM输入文件格式问题
我又来请教问题了。。。

下午请教了一个低级报错问题，经过社里大佬指点，发现是gjf文件没写入标题，导致高斯读取文件窜行了，最终出现了“想要整数，读入浮点数”这种报错

改正该问题之后，oniom计算提示缺少了很多参数，兢兢业业按照TAO教程补全了一定参数（还是有很多0.000），打算先算一下看看，结果出现了和下午一样的报错。。。

基于下午的报错，很可能还是格式错误导致的，但是我仔细比对了卢老师培训班给出的ONIOM的gjf文件，论坛里面一些例子，实在是找不出哪里格式有问题，或者少东西了。。

恳请大佬花费些许时间帮帮忙，我这又是犯了什么低级问题？！感激不尽！！！

输入文件和报错附图如下。。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-23 04:17
先不说别的，你这体系也太新鲜了，Cm、Nd、Nb等等五花八门元素全都出现了。先把元素名弄对再说

作者
Author: 知黑守白 时间: 2021-7-23 23:13

sobereva 发表于 2021-7-23 04:17
先不说别的，你这体系也太新鲜了，Cm、Nd、Nb等等五花八门元素全都出现了。先把元素名弄对再说

感谢卢老师回复，今天仔细检查了一天，从头仔细地把元素，原子类型和电荷修改好，去parm99.dat寻找键长、键角参数补在了gjf文件的最后
昨天晚上的问题缺少消失了，应该是某个愚蠢的格式问题。。

现在遇到的报错就是【自旋多重度】和【电子数量】不匹配，我在本论坛搜了这个问题，也看到了相似的报错，仍然还有一些疑惑，恳求各位大佬不吝赐教：

   1. 我在parm99.dat里面搜寻参数手动补齐的时候，近似地找到相同的三个元素，即提取相应参数补在gjf末尾，这样是否可以，对oniom的最终影响大吗？会影响到当前的这个不匹配的报错吗？

   2.我使用TAO的模块检测了体系的电荷，显示整体为+0.9，high层为-1.73；据此我设置的oniom电荷及自旋多重度  1 2 -2 2 -2 2；对于小体系而言，自旋多重度可以根据未成对电子数计算出来，那对于这样的生物体系，其自旋多重度如何准确评估呢？

   3.当前gjf文件如何设置才能顺利计算

？

输入文件、报错、电荷计算情况已附

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-23 23:20
1 看不懂你的意思。力场参数决定于原子类型，不是光看元素。你得判断出应该是属于什么原子类型，再取相应的参数

2 生物体系没有特殊性，本质上就是个有机分子而已。

当前报错显然是设得自旋多重度或电荷有问题，要么是模型有问题

若无特殊必要，别折腾ONIOM
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

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