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标题: 求助：amber如何获得有机大分子的参数文件 [打印本页]

作者
Author: 乐可落 时间: 2021-6-26 12:28
标题: 求助：amber如何获得有机大分子的参数文件
大家好，我刚开始想用antechamber直接获得一个有机分子的参数文件，操作如下
antechamber -i Hco.pdb -fi pdb -o Hco.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2
但是失败了，显示情况为
Info: The number of bonds (512) exceeded MAXBOND.
Segmentation fault (core dumped)
/opt/amber2018/bin/to_be_dispatched/antechamber: Fatal Error!
Cannot properly run "/opt/amber2018/bin/bondtype -j full -i ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC0 -o ANTECHAMBER_BOND_TYPE.AC -f ac".

看情况应该是有机分子太大的问题，想问问amber如何该如何获得该有机分子的拓扑和坐标文件呢？并且我想要用的力场为gaff，该怎么解决呢？
谢谢！

作者
Author: abdoman 时间: 2021-6-28 20:00
你这问题问得，叫大家怎么回答。
建议先看看amber说明书，例子。
大分子是什么？蛋白，核酸还是什么？
amber都分别有专门的力场文件。

耐心看看入门文档，磨刀不误砍柴工！

作者
Author: 乐可落 时间: 2021-7-1 16:02

abdoman 发表于 2021-6-28 20:00
你这问题问得，叫大家怎么回答。
建议先看看amber说明书，例子。
大分子是什么？蛋白，核酸还是什么？

不好意思，我似乎没说清楚，我这个分子是关于材料的有机分子，不是蛋白、核酸和脂质，amber教程只有用antechamber处理配体小分子，但我想要用gaff力场处理我这个分子，但可能因为它超过它处理范围，所以无法使用antechamber，所以想问问大家有没解决的办法。

作者
Author: c00jsw00 时间: 2021-7-2 23:43
http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/
上面可以參考寫得很清楚

作者
Author: 乐可落 时间: 2021-7-3 10:13

c00jsw00 发表于 2021-7-2 23:43
http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/
上面可以參考寫得很清楚

谢谢你的回答，但是我的问题是我的分子太大了该怎么处理的问题，我在帖子上粘贴我报错的细节，antechamber它处理的分子大小是有限制的。

作者
Author: ggdh 时间: 2021-7-3 11:04
7.10号之前我会发布一个可以产生大top文件的脚本，如果之前你还没搞定，可以期待一下。

作者
Author: 乐可落 时间: 2021-7-3 21:19

ggdh 发表于 2021-7-3 11:04
7.10号之前我会发布一个可以产生大top文件的脚本，如果之前你还没搞定，可以期待一下。

期待，感谢!

作者
Author: c00jsw00 时间: 2021-7-4 09:40
你的問題已經有答案了(http://archive.ambermd.org/201902/0208.html)
可己解決的方法為: 把分子拆成好幾個部分例如:https://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial5/index.php
參考以上的做法可以解決你的問題..good luck

作者
Author: 乐可落 时间: 2021-7-6 22:40

c00jsw00 发表于 2021-7-4 09:40
你的問題已經有答案了(http://archive.ambermd.org/201902/0208.html)
可己解決的方法為: 把分子拆成好幾 ...

非常感谢你的回答，我正在用这种方法创建模型。

作者
Author: HZW 时间: 2021-7-8 09:46

ggdh 发表于 2021-7-3 11:04
7.10号之前我会发布一个可以产生大top文件的脚本，如果之前你还没搞定，可以期待一下。

您好，请问您的脚本发在哪里啊

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