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标题: 求助：gromacs如何统计卤素原子形成的氢键 [打印本页]

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-6-25 10:17
标题: 求助：gromacs如何统计卤素原子形成的氢键
请问gromacs如何统计卤素原子形成的氢键呢？默认好像只能识别O和N做为氢键受体

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-25 18:28
只能改代码
要么就用VMD之类统计氢键

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-6-30 11:08

sobereva 发表于 2021-6-25 18:28
只能改代码
要么就用VMD之类统计氢键

请问卢老师VMD就能识别卤素的氢键吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-1 02:39

邱美佳发表于 2021-6-30 11:08
请问卢老师VMD就能识别卤素的氢键吗？

是的，只要X-H...Y符合氢键键长和键角判据，不管X和Y是什么元素。当然你也可以用选择语句限制X和Y的元素

作者
Author: 邱美佳 时间: 2021-7-6 11:32

sobereva 发表于 2021-7-1 02:39
是的，只要X-H...Y符合氢键键长和键角判据，不管X和Y是什么元素。当然你也可以用选择语句限制X和Y的元素

卢老师，我只知道vmd可以通过hbond显示方式让氢键显示出来，可是如何让软件给出具体的数值呢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-7 08:46

邱美佳发表于 2021-7-6 11:32
卢老师，我只知道vmd可以通过hbond显示方式让氢键显示出来，可是如何让软件给出具体的数值呢

手动量一下就完了

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