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标题: Gaussian计算频率无报错终止任务 [打印本页]

作者
Author: GuangyingZhou 时间: 2021-6-8 16:41
标题: Gaussian计算频率无报错终止任务
本帖最后由 GuangyingZhou 于 2021-6-8 19:11 编辑

各位老师，师兄师姐们好，本人最近在计算一个分子的频率，该分子包括66个原子，使用的是Gaussian09 Linux版本。log文件显示结构优化已经完成，但任务总是无报错结束。已经尝试过将优化好的结构提取出来再次提交任务，结果还是无报错终止任务。这种情况该如何解决呢？请各位老师不吝赐教，万分感谢！
输入文件如下：
%chk=C:\Users\Administrator\Desktop\m4.chk
#p opt freq b3lyp/6-311++g(d,p) scrf=(iefpcm,solvent=water) pop=nbo
Title Card Required
0 1
原子坐标

另外，尝试将scrf和pop等关键词删掉后，重新提交任务，结果也是一样。
输出文件如下：

再次感谢各位！

作者
Author: fffff 时间: 2021-6-8 16:56
似乎是正在进行比较耗时的频率分析，如果看任务管理器Gaussian在运行的话等着就行了

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-6-8 17:00
（1）你得展示你用的是多少内存，几核算的，你的机器又是什么配置，是否超出配置；
（2）用了B3LYP没加色散校正，小心掉坑《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”》http://sobereva.com/413

作者
Author: Accelerator 时间: 2021-6-8 17:54
66原子的体系用6-311++G(d,p)进行opt freq（还是在Windows上）是十分勇猛的行为
至多6-311G(d)就行了，何况给H加弥散几乎总是无益处的
没有写CPU和内存，我希望是由于你已经在Gaussian的配置文件里设置了默认值，而不是忘记设置了；如果是默认的小内存，即使计算正常结束，对于大体系有时频率计算也会得到极为离谱的结果（比如全都是NAN或几百个虚频）。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-8 19:20
opt freq目的撑死了b3lyp/6-311G**足矣，加弥散是白费时间，仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
没事别乱加弥散

而且为了节约时间，通常可以不带溶剂模型

作者
Author: GuangyingZhou 时间: 2021-6-8 20:35

zjxitcc 发表于 2021-6-8 17:00
（1）你得展示你用的是多少内存，几核算的，你的机器又是什么配置，是否超出配置；
（2）用了B3LYP没加色 ...

不好意思，我手误了，写成了Windows系统，我刚刚接触Gaussian，请问机器超出配置是什么意思呢？如何判断是否超出配置呢？谢谢您

作者
Author: GuangyingZhou 时间: 2021-6-8 20:37

Accelerator 发表于 2021-6-8 17:54
66原子的体系用6-311++G(d,p)进行opt freq（还是在Windows上）是十分勇猛的行为
至多6-311G(d)就行了，何 ...

不好意思，我手误写成了Windows系统，内存是系统自动分配的，我之前有算过一个size比这个体系大的，是正常结束的。我调整算法试一下，谢谢您~

作者
Author: GuangyingZhou 时间: 2021-6-8 20:38

fffff 发表于 2021-6-8 16:56
似乎是正在进行比较耗时的频率分析，如果看任务管理器Gaussian在运行的话等着就行了

这个不太像，因为我已经尝试过多次了，log文件已经不再进行更新了

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-6-8 20:41

GuangyingZhou 发表于 2021-6-8 20:35
不好意思，我手误了，写成了Windows系统，我刚刚接触Gaussian，请问机器超出配置是什么意思呢？如何判断 ...

一般在输入文件里通过
%mem=?GB指定内存
%nprocshared=?指定核数
如果你都没写，那么核数就采用高斯默认的1核在跑，默认内存与版本有关，但是远远不够你做大体系的计算。或者你写了Default.Route的话，就按里面的核数和内存。看sob老师博文《Gaussian的安装方法及运行时的相关问题》

由于你说自己是新手，那大概率是用默认的1核在跑，内存也没设置。。。至于如何看机器配置，请自行用搜索引擎搜索“Linux下查看CPU核数”，“Linux查看内存”等等，都说出来就变成基础教学了。

作者
Author: GuangyingZhou 时间: 2021-6-16 09:35

sobereva 发表于 2021-6-8 19:20
opt freq目的撑死了b3lyp/6-311G**足矣，加弥散是白费时间，仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://s ...

老师，我去掉了弥散，%mem=5GB指定内存，%nprocshared=20，其他条件不变，再次提交任务，情况相同。请问这种还是因为基组选择不当么？
log文件：
  41. BD ( 2) C  23 - C  25       /250. RY*( 2) C  14                34.58 3.93 0.357
  41. BD ( 2) C  23 - C  25       /252. RY*( 4) C  14                196.84 4.35 0.898
  41. BD ( 2) C  23 - C  25       /253. RY*( 5) C  14                1021.89 1.44 1.176
  41. BD ( 2) C  23 - C  25       /254. RY*( 6) C  14                2391.33 0.94 1.458
  41. BD ( 2) C  23 - C  25       /255. RY*( 7) C  14                42.85 4.67 0.435
  41. BD ( 2) C  23 - C  25       /257. RY*( 9) C  14                21.78 6.58 0.368
  41. BD ( 2) C  23 - C  25       /258. RY*(  10) C  14                119.59 6.06 0.827
  41. BD ( 2) C  23 - C  25       /259. RY*(  11) C  14                   5.40 6.78 0.186
  41. BD ( 2) C  23 - C  25       /261. RY*( 1) C  15                   2.64 5.89 0.121
  41. BD ( 2) C  23 - C  25       /262. RY*( 2) C  15                56.57 4.42 0.485
  41. BD ( 2) C  23 - C  25       /263. RY*( 3) C  15                   9.58 5.60 0.225
  41. BD ( 2) C  23 - C  25       /265. RY*( 5) C  15                   0.96 5.42 0.070
  41. BD ( 2) C  23 - C  25       /267. RY*( 7) C  15                   2.31 4.76 0.102
  41. BD ( 2) C  23 - C  25       /268. RY*( 8) C  15                101.74 22.42 1.467
  41. BD ( 2) C  23 - C  25       /270. RY*( 2) C  16                184.00 4.38 0.870
  41. BD ( 2) C  23 - C  25       /271. RY*( 3) C  16                79.58 4.45 0.577
  41. BD ( 2) C  23 - C  25       /272. RY*( 4) C  16                23.94 5.72 0.359
  41. BD ( 2) C  23 - C  25       /275. RY*( 7) C  16                735.27 1.11 0.877
  41. BD ( 2) C  23 -

作者
Author: GuangyingZhou 时间: 2021-6-16 09:36

zjxitcc 发表于 2021-6-8 20:41
一般在输入文件里通过
%mem=?GB指定内存
%nprocshared=?指定核数

好的，已收到，谢谢您！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-16 10:12

GuangyingZhou 发表于 2021-6-16 09:35
老师，我去掉了弥散，%mem=5GB指定内存，%nprocshared=20，其他条件不变，再次提交任务，情况相同。请问 ...

哪有用20核才给5G的

把内存给大，还不行就换个Gaussian版本或换个机子

作者
Author: GuangyingZhou 时间: 2021-6-17 08:50

sobereva 发表于 2021-6-16 10:12
哪有用20核才给5G的

把内存给大，还不行就换个Gaussian版本或换个机子

好的，谢谢老师！

作者
Author: peptide 时间: 3 day ago
老师好，借这个帖子，我也有类似问题，我用Gaussian09算几千分子量的分子opt+freq，也是在opt完成后freq无故中断，然后我试了简单的甲苯，则正常完成freq。这样是否可以判断是机子配置不够算这种比较大的分子，谢谢!

以下是我使用的内存和核数：
%mem=29GB
%chk=/home/admin/testfreq/tol.chk
%nprocshared=29
#p b3lyp/6-31g(d,p) opt freq guess=save pop=reg

作者
Author: sobereva 时间: 前天 02:54

peptide 发表于 2025-8-19 18:14
老师好，借这个帖子，我也有类似问题，我用Gaussian09算几千分子量的分子opt+freq，也是在opt完成后freq无 ...

内存别给得那么抠，尤其是算大体系、耗内存多的任务时，下文明确说了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

始终说原子数或者化学组成，不要说原子量

作者
Author: peptide 时间: 前天 08:48

sobereva 发表于 2025-8-20 02:54
内存别给得那么抠，尤其是算大体系、耗内存多的任务时，下文明确说了
Gaussian的安装方法及运行时的相关 ...

谢谢老师回复，我认真学习一下您给的链接。

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)