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标题: 如何获得空间分布函数？ [打印本页]

作者
Author: huidaoguoquo 时间: 2015-12-8 15:04
标题: 如何获得空间分布函数？
我使用的gromacs软件，运行完成希望分析下空间分布，可是g_spatail命令得到的结果很不好看。百度说gOpenMol可以做空间分布，请教大神有没有会做的，用什么软件？感激不尽！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-8 15:42
把得到的cube文件放VMD就能看到等值面图形，并不复杂
这里有一些说明
Gromacs的g_spatial产生的格点文件分析工具gmxgrid v1.2
http://sobereva.com/38
VMD显示轨迹中粒子的空间密度分布的两种方法
http://sobereva.com/14

作者
Author: huidaoguoquo 时间: 2015-12-8 20:16

sobereva 发表于 2015-12-8 15:42
把得到的cube文件放VMD就能看到等值面图形，并不复杂
这里有一些说明
Gromacs的g_spatial产生的格点文件 ...

非常感谢，帮助很大。

作者
Author: wbn 时间: 2015-12-9 01:49
TRAVIS （搜 Trajectory Analyzer and Visualizer）软件专门做这些事情，功能很强大，spatial distribution 或者 radial-angular distribution 都能做。而且是GPL协议的软件。缺点是设置有点复杂，而且gromacs xtc 文件得转化成xyz或者pdb文件，轨迹大的话有点蛋疼。

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