计算化学公社

标题: 求助：判断动力学模拟后蛋白结构是否稳定的主要依据是RMSD吗？ [打印本页]

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Author: 阳台的茵蒂克丝 时间: 2021-5-23 18:31
标题: 求助：判断动力学模拟后蛋白结构是否稳定的主要依据是RMSD吗？
想请教各位老师，我依照gmx官网教程对一个通过I TASSER得到的蛋白结构进行了10ns的动力学模拟（想要优化结构），如何判断结构已经稳定（只看骨架RMSD可以吗）。另外我得到的这个RMSD图是否可以说证明结构已经稳定了呢（我感觉波动比较大）？如果还需要继续跑要跑多少ns呢。

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Author: fhh2626 时间: 2021-5-24 16:07
还早着呢，你再跑个100ns看看吧

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-24 20:52
用较好的GPU来加速，显式水下跑普通蛋白质每天几十~几百ns。当前才跑10ns，对于讨论这种问题在如今来看完全不够，而且RMSD曲线还完全没跑平

作者
Author: 阳台的茵蒂克丝 时间: 2021-6-6 23:16

sobereva 发表于 2021-5-24 20:52
用较好的GPU来加速，显式水下跑普通蛋白质每天几十~几百ns。当前才跑10ns，对于讨论这种问题在如今来看完全 ...

Sob老师，鉴于上次10ns的动力学模拟时间太短，我这次对我的蛋白（915个氨基酸）进行了100ns的模拟如图所示。请问这样的结果是否还需要再跑

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Author: laoman 时间: 2021-6-7 05:07

阳台的茵蒂克丝发表于 2021-6-6 23:16
Sob老师，鉴于上次10ns的动力学模拟时间太短，我这次对我的蛋白（915个氨基酸）进行了100ns的模拟如图所 ...

对于同源模建的结构，100ns的RMSD图是这个样子已经足够说明体系的稳定性了。没必要跑太长时间，继续跑还不如用不同的初速度多跑两组100ns的，更加严谨一些。
（比如这里就跑了3次100ns：https://doi.org/10.3389/fphar.2018.01065 ）

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-7 08:40

阳台的茵蒂克丝发表于 2021-6-6 23:16
Sob老师，鉴于上次10ns的动力学模拟时间太短，我这次对我的蛋白（915个氨基酸）进行了100ns的模拟如图所 ...

够了，基本稳定在1nm了

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Author: 阳台的茵蒂克丝 时间: 2021-6-19 21:11

sobereva 发表于 2021-6-7 08:40
够了，基本稳定在1nm了

Sob老师，我还有一个问题。如果我做MD模拟是为了做蛋白结构优化，那么我输出的结构是要选体系的Total energy最低的一帧吗（在体系平衡的基础上）。
gmx energy -f md_0_1.edr -o energy.xvg（我先查看了total energy找到了了50ns后能量最低的一帧）
gmx trjconv -f md_0_1_noPBC.xtc -s md_0_1.tpr -o 82960.gro -dump 82960（输出了那一帧）
之后我对这个输出的体系进行了能量最小化
在消除周期性后我将能量最小化轨迹文件的最后一帧的protein输出成PDB文件（最终构象）
请问我这么做对吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-20 17:40

阳台的茵蒂克丝发表于 2021-6-19 21:11
Sob老师，我还有一个问题。如果我做MD模拟是为了做蛋白结构优化，那么我输出的结构是要选体系的Total ene ...

更理想的做法是退火，慢慢降温到0度，然后做优化

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Author: Ajl 时间: 2024-3-25 11:22

sobereva 发表于 2021-6-7 08:40
够了，基本稳定在1nm了

老师您好我想问下可以理解为rmsd小范围波动在1nm以内就可以认为是平衡的了吗

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-25 11:25

Ajl 发表于 2024-3-25 11:22
老师您好我想问下可以理解为rmsd小范围波动在1nm以内就可以认为是平衡的了吗

该说的都说了
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

作者
Author: MilesYYh 时间: 2024-9-24 15:32

laoman 发表于 2021-6-7 05:07
对于同源模建的结构，100ns的RMSD图是这个样子已经足够说明体系的稳定性了。没必要跑太长时间，继续跑还 ...

您好，一直有一个不确定的点，想请问下，“用不同的初速度多跑两组”是指：
1.同一个体系经历同样的em、nvt过程，得到一个结构，拿这个结构去赋予不同的初速度去跑3组md
还是：
2.分别经历各自的em、nvt，即得到了3个nvt后的结构体系，这三个再分别去跑md？

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