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标题: 求助：如何使用Martini3力场 [打印本页]

作者
Author: bigoldhenry 时间: 2021-5-23 17:12
标题: 求助：如何使用Martini3力场
前不久Martini官网发布了3.0版本，听说在2.2版本上有很大进步，之前构建粗粒化体系是利用Martiini官网上下载的Martinize.py和insane.py两个脚本来完成的，但这两个脚本最晚更新时间是16年的了，想知道有没有类似的脚本能构建Martini3的粗粒化体系，还是直接把官网上下载得到的Martini3力场包替换Martini2.2的就行？谢谢

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2021-5-23 21:28
本帖最后由 wuzhiyi 于 2021-5-23 21:36 编辑

https://github.com/marrink-lab/vermouth-martinize
然后martinize2 -f protein.pdb -x CG.pdb -dssp mkdssp -elastic -ff martini3001 -o CG.top -scfix

作者
Author: bigoldhenry 时间: 2021-5-24 14:07

wuzhiyi 发表于 2021-5-23 21:28
https://github.com/marrink-lab/vermouth-martinize
然后martinize2 -f protein.pdb -x CG.pdb -dssp mkd ...

非常感谢！体系已经转为粗粒化了，再请教一下在添加膜环境怎么添加呢，还有insane.py类似的脚本吗？

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2021-5-24 18:04

bigoldhenry 发表于 2021-5-24 14:07
非常感谢！体系已经转为粗粒化了，再请教一下在添加膜环境怎么添加呢，还有insane.py类似的脚本吗？

应该有吧你问问原作者

作者
Author: SWUwyz 时间: 2023-6-16 17:53

wuzhiyi 发表于 2021-5-23 21:28
https://github.com/marrink-lab/vermouth-martinize
然后martinize2 -f protein.pdb -x CG.pdb -dssp mkd ...

请问这个安装具体要怎么做？我在安装martinize2的时候遇到报错

作者
Author: Lym 时间: 2023-7-5 21:56

wuzhiyi 发表于 2021-5-23 21:28
https://github.com/marrink-lab/vermouth-martinize
然后martinize2 -f protein.pdb -x CG.pdb -dssp mkd ...

老师您好，
我按照您发的链接下载好artini3.0,但是在命令行中-ddsp mkddsp这里使用总是报错，我重复Martini官网的例子，使用命令行如下：
martinize2 -f 181L.pdb -x CG.pdb -dssp dssp -elastic -ff martini3001 -o topol.top
其中dssp, 我是按照DSSP官网使用FTP下载了对应的181L.dssp二进制文件，并放到了martini这个文件夹下（也使用论坛上ene老师静态编译的dssp软件，去获得181L.dssp文件）
但是最后都在提示：
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'dssp';'dssp'
请问这里我应该怎么去解决这个问题呢？
当前我是在VM16；Centos8；python3.6环境中计算的

以及第二个问题，为什么我关闭linux的终端后，再想使用martinize2我仍然需要重新使用您发的这个连接再进行下载呢？有什么方法能够关闭终端再重新打开仍能使用martinize2呢？

希望得到您的指点，谢谢！

作者
Author: zwy123 时间: 2023-8-18 19:14
请问怎么使用martinize.py和insane.py,就是新参数化的分子怎么去引入insane啊:dizzy

作者
Author: zxs1127 时间: 2024-3-24 13:22
请问这个dssp是必须要安装的么，我不做生物蛋白质，只是用来粗粒化一些有机小分子

作者
Author: 搬砖小青年 时间: 2024-4-12 16:52

zxs1127 发表于 2024-3-24 13:22
请问这个dssp是必须要安装的么，我不做生物蛋白质，只是用来粗粒化一些有机小分子

大佬，我也遇见了相同问题，您解决没呢，我也是做其他有机分子的

作者
Author: 加油啊余同学 时间: 2024-12-10 14:16

搬砖小青年发表于 2024-4-12 16:52
大佬，我也遇见了相同问题，您解决没呢，我也是做其他有机分子的

你好，同问，这个问题解决了吗？

作者
Author: 李赛亚 时间: 2025-6-6 16:27
想问一下大家知道martini3怎样能得到粗粒化的极性水模型吗，https://cgmartini-library.s3.ca- ... artini2/triple-w.py这个脚本后面写说只能用于martini_v2.2refP.itp
参考网页：https://cgmartini.nl/docs/tutori ... l#polarizable-water

作者
Author: xsc6 时间: 2025-7-30 00:54

wuzhiyi 发表于 2021-5-23 21:28
https://github.com/marrink-lab/vermouth-martinize
然后martinize2 -f protein.pdb -x CG.pdb -dssp mkd ...

老师您好，我按照官网pip安装好了marrtinize2，但是运行“martinize2 -h”运行不了，大概率是没将其添加到环境变量，因为前面写了“Installing Martinize2 and vermouth with pip adds the martinize2 program to the research PATH.” 我现在的问题是我应该把哪个添加到环境变量，我是windows下在anaconda里面配置了一个虚拟环境安装的，这样子可以么

作者
Author: wanglg 时间: 2025-7-30 10:40

李赛亚发表于 2025-6-6 16:27
想问一下大家知道martini3怎样能得到粗粒化的极性水模型吗，https://cgmartini-library.s3.ca-central-1.am ...

martini3现在没有极性水模型，暂时没法用。

作者
Author: wanglg 时间: 2025-7-30 10:42

加油啊余同学发表于 2024-12-10 14:16
你好，同问，这个问题解决了吗？

可以自己提供二级结构信息-ss,现在得新版本也支持mdtraj计算二级结构，mdtraj会比老版本的dssp容易下载。

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