计算化学公社

标题: 模型优化好了,吸附不知道怎么弄。。 [打印本页]

作者
Author: lc00 时间: 2015-12-2 11:14
标题: 模型优化好了,吸附不知道怎么弄。。
小弟用建模工具Medea，建立了MoS2表面模型，Medea默认的是上下都有真空层，实际计算中把红色框中的原子固定住。现在结构优化已经做好了。接下来在弛豫的一端吸附噻吩，不知道这个模型需不需要考虑偶极修正。具体的偶极修正怎么设置呢？求大神指导。。 (, 下载次数 Times of downloads: 66)

作者
Author: jiewei 时间: 2015-12-3 14:43
Hui Pan, Yong-Wei Zhang, J. Phys. Chem. C 2012 这篇文章可以去看一下

作者
Author: lc00 时间: 2015-12-3 14:51

jiewei 发表于 2015-12-3 14:43
Hui Pan, Yong-Wei Zhang, J. Phys. Chem. C 2012 这篇文章可以去看一下

谢谢大哥。

作者
Author: zyj19831206 时间: 2015-12-3 15:19

lc00 发表于 2015-12-3 14:51
谢谢大哥。

你的MedeA是否是单个电脑固定使用一个软件？？

作者
Author: 曹波波 时间: 2015-12-5 18:09
你好，我也再在算MoS2能否加个qq（343976290），方便交流谢谢

作者
Author: lc00 时间: 2015-12-20 13:12

jiewei 发表于 2015-12-3 14:43
Hui Pan, Yong-Wei Zhang, J. Phys. Chem. C 2012 这篇文章可以去看一下

吸附过程，30核，算了大概12天。吸附过程的力收敛标准是0.02，能量标准是10-5，具体怎么分步才能让吸附算的稍微快一点呢。

作者
Author: jiewei 时间: 2015-12-22 15:44

lc00 发表于 2015-12-20 13:12
吸附过程，30核，算了大概12天。吸附过程的力收敛标准是0.02，能量标准是10-5，具体怎么分步才能让 ...

这个得具体问题具体分析了。没看到你吸附过程中构型的变化不太好说。
这个过程是比较久，不出意外应该是你建模有问题。
你的体系不是特别大，照理应该不会算这么久。让这个优化过程变快的最有效的方法就是建好模型。

作者
Author: lc00 时间: 2015-12-22 18:41

jiewei 发表于 2015-12-22 15:44
这个得具体问题具体分析了。没看到你吸附过程中构型的变化不太好说。
这个过程是比较久，不出意外应 ...

应该是初始的分子位置没有放太好。。

作者
Author: lc00 时间: 2015-12-30 12:45

jiewei 发表于 2015-12-22 15:44
这个得具体问题具体分析了。没看到你吸附过程中构型的变化不太好说。
这个过程是比较久，不出意外应 ...

大神。我重新建好了模型，400encut, k点2乘2乘1，这种吸附体系，30核算了7天。7天这个时间正不正常呢。

作者
Author: jiewei 时间: 2015-12-31 09:11

lc00 发表于 2015-12-30 12:45
大神。我重新建好了模型，400encut, k点2乘2乘1，这种吸附体系，30核算了7天。7天这个时间正不正 ...

算了多少步？如果是步数比较多这个是正常的。因为你弛豫的原子有点多。

作者
Author: lc00 时间: 2016-1-1 09:47

jiewei 发表于 2015-12-31 09:11
算了多少步？如果是步数比较多这个是正常的。因为你弛豫的原子有点多。

离子步跑了52步。

作者
Author: 晨曦 时间: 2016-10-11 18:03

lc00 发表于 2015-12-30 12:45
大神。我重新建好了模型，400encut, k点2乘2乘1，这种吸附体系，30核算了7天。7天这个时间正不正 ...

我觉得这个结构在优化结构时，就是很费时间。你的k点你觉得小不小?

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