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标题: 二聚体分别做定量分子表面分析 [打印本页]

作者
Author: lsy597839199 时间: 2015-12-1 14:33
标题: 二聚体分别做定量分子表面分析
我想用vmd作图，画出洞穿直径，但是怎么画都没找到如何分别做表面分析，整体分析完，用片段输出，输出的还是整体静电势啊，给的那个水的二聚体那个是怎么得到的呢？？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-1 20:56
先优化个水二聚体，取出第一个水的坐标，计算波函数文件（带着nosymm关键词免得自动平移旋转），然后用Multiwfn+VMD绘制出分子表面静电势图。然后再取出第二个水的坐标，也计算波函数文件并用Multiwfn+VMD绘图就完了。
两个水在VMD的display界面里各有一个representation，互不影响，在图形窗口显示的内容是叠加到一起的。

作者
Author: lsy597839199 时间: 2015-12-1 21:17

sobereva 发表于 2015-12-1 20:56
先优化个水二聚体，取出第一个水的坐标，计算波函数文件（带着nosymm关键词免得自动平移旋转），然后用Mult ...

直接关键词里添加nonsymm就可以吧？？不用guess=nonsymm吧？、老师

作者
Author: lsy597839199 时间: 2015-12-1 21:38
本帖最后由 lsy597839199 于 2015-12-1 21:40 编辑

sobereva 发表于 2015-12-1 20:56
先优化个水二聚体，取出第一个水的坐标，计算波函数文件（带着nosymm关键词免得自动平移旋转），然后用Mult ...

我在群里问下

作者
Author: sobereva 时间: 2015-12-1 22:01

lsy597839199 发表于 2015-12-1 21:17
直接关键词里添加nonsymm就可以吧？？不用guess=nonsymm吧？、老师

直接写nosymm。详见

谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297

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