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标题: 求助：在能量最小化时提示错误信息One or more water molecules can not be settled [打印本页]

作者
Author: 芮啦 时间: 2021-4-6 12:58
标题: 求助：在能量最小化时提示错误信息One or more water molecules can not be settled
本帖最后由芮啦于 2021-4-7 08:56 编辑

各位老师，我定义了一个尺寸为4nm的立方体盒子，在盒子的中心放置适配体-铅离子，在CHARMM27力场下用Tip3p水解。进行到能量最小化这一步一直报错如下：
step 15: One or more water molecules can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates

step 21: One or more water molecules can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates

step 23: One or more water molecules can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates

......
step 492: One or more water molecules can not be settled.
Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate.
Wrote pdb files with previous and current coordinates

我只用金属离子进行分子动力学模拟，只用适配体进行分子动力学模拟，缩小盒子的尺寸等操作后依然出现同样的信息，提示One or more water molecules can not be settled. Check for bad contacts and/or reduce the timestep if appropriate. Wrote pdb files with previous and current coordinates。我检查了我的pdb文件和坐标文件没有问题，麻烦各位老师能够指明一下解决的方向。

作者
Author: libo371324 时间: 2021-4-6 17:14
这个我以前遇到过，我将盒子的尺寸增加就解决啦

作者
Author: 芮啦 时间: 2021-4-6 18:02

libo371324 发表于 2021-4-6 17:14
这个我以前遇到过，我将盒子的尺寸增加就解决啦

谢谢您的回复，我把盒子的尺寸分别增加到6nm、7nm和8nm，但是还是出现了同样的错误提示。
我在mdp文件中增加了一项  define =-DFLEXIBLE，但是又出现了新的错误提示：
Step 10, time 0.01 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.000003, max 0.000063 (between atoms 406 and 407)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
411 412 30.6 0.1010 0.1010    0.1010
和错误提示：
Energy minimization has stopped, but the forces have not converged to the
requested precision Fmax < 1000 (which may not be possible for your system).
It stopped because the algorithm tried to make a new step whose size was too
small, or there was no change in the energy since last step. Either way, we
regard the minimization as converged to within the available machine
precision, given your starting configuration and EM parameters.
请问您有遇到过这种情况吗

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-7 00:50
这和盒子大小没有任何直接关系。你的体系盒子根本没必要那么大，白浪费计算量。

mdp这么重要的文件都不提供

(, 下载次数 Times of downloads: 102)
(, 下载次数 Times of downloads: 114)

作者
Author: 芮啦 时间: 2021-4-7 09:00

sobereva 发表于 2021-4-7 00:50
这和盒子大小没有任何直接关系。你的体系盒子根本没必要那么大，白浪费计算量。

mdp这么重要的文件都不 ...

谢谢老师，我在上面上传了我的mdp文件
我在mdp文件中添加了  define =-DFLEXIBLE之后没有再出现one or more water molecules can not be settled的报错，但是出现了新的错误提示：
Steepest Descents:
Tolerance (Fmax) =  1.00000e+03
Number of steps =       5000
Energy minimization has stopped, but the forces have not converged to the
requested precision Fmax < 1000 (which may not be possible for your system).
It stopped because the algorithm tried to make a new step whose size was too
small, or there was no change in the energy since last step. Either way, we
regard the minimization as converged to within the available machine
precision, given your starting configuration and EM parameters.

Double precision normally gives you higher accuracy, but this is often not
needed for preparing to run molecular dynamics.

writing lowest energy coordinates.

Back Off! I just backed up em.gro to ./#em.gro.2#

Steepest Descents converged to machine precision in 1722 steps,
but did not reach the requested Fmax < 1000.
Potential Energy  =  7.1431397e+10
Maximum force    =  4.5007404e+07 on atom 116075
Norm of force    =  2.0984681e+05

能不能麻烦老师再指点一下，谢谢您

作者
Author: 牧生 时间: 2021-4-7 13:44

芮啦发表于 2021-4-7 09:00
谢谢老师，我在上面上传了我的mdp文件
我在mdp文件中添加了 define =-DFLEXIBLE之后没有再出现one o ...

已经达到最大步数，但能量仍然没有达到设定最小值。

解决办法:反复进行几次能量最小化，或者改用双精度的gromacs进行能量最小化。

作者
Author: 芮啦 时间: 2021-4-7 14:20

牧生发表于 2021-4-7 13:44
已经达到最大步数，但能量仍然没有达到设定最小值。

解决办法:反复进行几次能量最小化，或者改用双精 ...

谢谢您的回复，我反复进行了很多次能量最小化，依然提示相同的错误信息，我看到在能量最小化后生成的gro文件中，我的DNA链完全散开了，请问您能不能提示一下这可能是什么原因造成的呢？
打扰您啦，非常感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2021-4-8 01:13

芮啦发表于 2021-4-7 14:20
谢谢您的回复，我反复进行了很多次能量最小化，依然提示相同的错误信息，我看到在能量最小化后生成的gro ...

原因和4L说的一样，存在内在不合理性

作者
Author: 芮啦 时间: 2021-4-8 09:41

sobereva 发表于 2021-4-8 01:13
原因和4L说的一样，存在内在不合理性

谢谢sob老师，我的初始结构和拓扑文件应该没有问题，在建模的过程中系统也没有警告和注释，这个问题困扰我一周了，一直没有解决，我想再请教一下老师，可能是力场参数有问题吗，哪些参数可能是我需要修改的地方
打扰老师了，谢谢您的回复

作者
Author: 木林森 时间: 2021-6-19 11:05

芮啦发表于 2021-4-8 09:41
谢谢sob老师，我的初始结构和拓扑文件应该没有问题，在建模的过程中系统也没有警告和注释，这个问题困扰 ...

请问楼主你这个问题解决了吗？我也遇到了相同的问题，可以分享一下吗？

作者
Author: lonemen 时间: 2021-6-19 14:16

牧生发表于 2021-4-7 13:44
已经达到最大步数，但能量仍然没有达到设定最小值。

解决办法:反复进行几次能量最小化，或者改用双精 ...

请问您说的反复进行能量最小化，是如何操作的呢？用上次最小化的结构，继续跑下一次最小化吗？如此反复进行？

作者
Author: 牧生 时间: 2021-6-19 14:45

lonemen 发表于 2021-6-19 14:16
请问您说的反复进行能量最小化，是如何操作的呢？用上次最小化的结构，继续跑下一次最小化吗？如此反复进 ...

是的。如果反复多次还不能最小化，就考虑用双精度，
如果还不行，就考虑是自己做的模型是否合理。

作者
Author: lonemen 时间: 2021-6-19 15:29

牧生发表于 2021-6-19 14:45
是的。如果反复多次还不能最小化，就考虑用双精度，
如果还不行，就考虑是自己做的模型是否合理。

好的，多谢指点和建议

作者
Author: 芮啦 时间: 2021-6-21 18:32

木林森发表于 2021-6-19 11:05
请问楼主你这个问题解决了吗？我也遇到了相同的问题，可以分享一下吗？

我在windows下用gromacs计算出现了上面的提到的问题。但在linux下，在所有条件都相同的情况下试着计算没有出现问题了

作者
Author: 木林森 时间: 2021-6-21 22:49

芮啦发表于 2021-6-21 18:32
我在windows下用gromacs计算出现了上面的提到的问题。但在linux下，在所有条件都相同的情况下试着计算没 ...

我现在就是在linux下，同样的问题一直报错

作者
Author: sdf 时间: 2021-8-11 20:45
本帖最后由 sdf 于 2021-8-11 20:50 编辑

木林森发表于 2021-6-21 22:49
我现在就是在linux下，同样的问题一直报错

您好，请问您的这个问题解决了吗？我是在linux下跑，也是一直出错，想请教一下您。Steepest Descents converged to machine precision in 15 steps,
but did not reach the requested Fmax < 1000.
Potential Energy  = -9.0887500e+04
Maximum force    =  1.1054751e+04 on atom 51
Norm of force    =  3.9257707e+03

作者
Author: sdf 时间: 2021-8-12 10:37

芮啦发表于 2021-4-6 18:02
谢谢您的回复，我把盒子的尺寸分别增加到6nm、7nm和8nm，但是还是出现了同样的错误提示。
我在mdp文件中 ...

您好，请问您的这个问题解决了吗？我也遇到同样的情况，想询问一下你。
Energy minimization has stopped, but the forces have not converged to the
requested precision Fmax < 1000 (which may not be possible for your system).
It stopped because the algorithm tried to make a new step whose size was too
small, or there was no change in the energy since last step. Either way, we
regard the minimization as converged to within the available machine
precision, given your starting configuration and EM parameters.

Double precision normally gives you higher accuracy, but this is often not
needed for preparing to run molecular dynamics.

writing lowest energy coordinates.

Steepest Descents converged to machine precision in 15 steps,
but did not reach the requested Fmax < 1000.
Potential Energy  = -9.0887492e+04
Maximum force    =  1.1054751e+04 on atom 51
Norm of force    =  3.9257712e+03

作者
Author: 木林森 时间: 2021-9-9 10:39

sdf 发表于 2021-8-11 20:45
您好，请问您的这个问题解决了吗？我是在linux下跑，也是一直出错，想请教一下您。Steepest Descents con ...

回复的晚了。
我之后就是检查结构，检查mdp文件解决的。
多数情况可能是结构的问题，不麻烦的话重建也可以。

作者
Author: sdf 时间: 2021-9-14 17:13

木林森发表于 2021-9-9 10:39
回复的晚了。
我之后就是检查结构，检查mdp文件解决的。
多数情况可能是结构的问题，不麻烦的话重建也 ...

好的，感谢感谢

作者
Author: 蔡亚磊 时间: 2021-9-28 19:11

木林森发表于 2021-9-9 10:39
回复的晚了。
我之后就是检查结构，检查mdp文件解决的。
多数情况可能是结构的问题，不麻烦的话重建也 ...

你好，我也遇到同样的问题。请问一下你是那一步的结构出问题了。

作者
Author: 蔡亚磊 时间: 2021-9-28 19:23

木林森发表于 2021-9-9 10:39
回复的晚了。
我之后就是检查结构，检查mdp文件解决的。
多数情况可能是结构的问题，不麻烦的话重建也 ...

补充一下，我是跑蛋白的时候遇到的这个问题，前面最小化，nvt.npt都没问题。大概跑了两百多万步就出现上述问题（大概是整体时间的一半），而且我换了一个蛋白也一样。

作者
Author: 木林森 时间: 2021-10-13 09:30

蔡亚磊发表于 2021-9-28 19:23
补充一下，我是跑蛋白的时候遇到的这个问题，前面最小化，nvt.npt都没问题。大概跑了两百多万步就出现上 ...

我的是初始结构出了小问题

作者
Author: 诺瓦克 时间: 2021-11-16 12:26

木林森发表于 2021-10-13 09:30
我的是初始结构出了小问题

您好，我也出现了同样的问题，但是报Fmax的原子都是加进去的水，挺奇怪的

作者
Author: chengb917 时间: 2022-6-1 16:00

木林森发表于 2021-6-21 22:49
我现在就是在linux下，同样的问题一直报错

请问问题解决了吗？我现在碰到同样的问题。

作者
Author: 木林森 时间: 2022-7-27 20:35

chengb917 发表于 2022-6-1 16:00
请问问题解决了吗？我现在碰到同样的问题。

解决了，就是结构和mdp的问题，需要认真检查。

作者
Author: chuxuedexiaobai 时间: 2023-7-20 21:07

牧生发表于 2021-6-19 14:45
是的。如果反复多次还不能最小化，就考虑用双精度，
如果还不行，就考虑是自己做的模型是否合理。

您好，我现在的模拟也是能量最小化一直降不下来，但没有报错，然后反复跑em也不行只要跑NVT还没开始就崩溃了，怎么检查我的模型有没有问题呢，我是双相体系，两相单独分开能量最小化就可以，但合起来就不行了
，可以讲讲您解决的步骤吗，非常感谢您。

作者
Author: 牧生 时间: 2023-7-20 21:31

chuxuedexiaobai 发表于 2023-7-20 21:07
您好，我现在的模拟也是能量最小化一直降不下来，但没有报错，然后反复跑em也不行只要跑NVT还没开始就崩 ...

我现在的意见，只要em以后，跑md报错，大大大大概率是分子拓扑不正确

作者
Author: xiaohaha123 时间: 2023-12-18 22:26

牧生发表于 2023-7-20 21:31
我现在的意见，只要em以后，跑md报错，大大大大概率是分子拓扑不正确

请问能量最小化成功的标准是啥

作者
Author: 牧生 时间: 2023-12-19 07:29

xiaohaha123 发表于 2023-12-18 22:26
请问能量最小化成功的标准是啥

一般情况下，如果在.top中，各个分子出现顺序正常，力场合适，正常结束em后，能跑起来MD，基本上就正确。

作者
Author: juqing 时间: 2024-4-12 00:44
本帖最后由 juqing 于 2024-4-12 00:46 编辑

芮啦发表于 2021-4-8 09:41
谢谢sob老师，我的初始结构和拓扑文件应该没有问题，在建模的过程中系统也没有警告和注释，这个问题困扰 ...

请问解决了吗，如果在linux下遇到一样的问题应该怎么做呢？

作者
Author: 15939474177 时间: 2025-4-10 21:44
请问解决了吗

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