计算化学公社

标题: NAMD中聚合物topology文件的编辑 [打印本页]

作者
Author: po390 时间: 2015-11-25 09:50
标题: NAMD中聚合物topology文件的编辑
大家好，
目前我要构建一个聚合物大分子的全原子模型，原子数在500~1000范围内。目前我已经构建聚合物单体的pdb文件，也有单体分子的topology文件，但在构建聚合物分子的时候出了问题，聚合物分子的pdb文件可以较为容易的生成，可聚合物的topology文件却不好操作。我之前一直用单体的topology文件试着生成聚合物的psf文件，但老有各种各样的问题。看网上有人建议直接构建一整个聚合物分子的topology文件，我也试着去操作，但工作量很大，出错率好高。也看到有文献（http://link.springer.com/article/10.1007/s00894-011-0966-y）中用xplor-nih去操作，我也试了下，整了半个月没整明白。
请教各位在NAMD中做聚合物分子模拟时如何处理单体分子与聚合物分子之间的topology文件关系？

作者
Author: fhh2626 时间: 2015-11-25 17:31
就假设你的是均聚物了
均聚物的结构是ABBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBC，其中A,B,C分别是结构略有不同的单体分子
你需要为A,B,C各自写一个topology，然后再生成psf
其他类型的聚合物也类似

PS，如果你比较geek，你也可以尝试用psfgen里面的patch功能，这样就只需要写一个小分子的topology

作者
Author: po390 时间: 2015-11-25 19:11

fhh2626 发表于 2015-11-25 17:31
就假设你的是均聚物了
均聚物的结构是ABBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBC，其中A,B,C分别是结构略有不同的 ...

非常感谢你的回复！
按照ABBBBC聚合物的构型，A与C先不管，B的话，我是只需要为B的单体写topology文件吗？还有个小问题，写好topology文件后，如何生成整个聚合物的psf文件，也需要用到patch吗？
再次感谢！

作者
Author: fhh2626 时间: 2015-11-25 20:15

po390 发表于 2015-11-25 19:11
非常感谢你的回复！
按照ABBBBC聚合物的构型，A与C先不管，B的话，我是只需要为B的单体写topology文件吗 ...

只需要为一个单体写topology

生成psf文件用vmd带的autopsf插件或者用psfgen，你可以看看手册，不需要用patch

作者
Author: po390 时间: 2015-11-25 23:58

fhh2626 发表于 2015-11-25 20:15
只需要为一个单体写topology

生成psf文件用vmd带的autopsf插件或者用psfgen，你可以看看手册，不需要 ...

非常感谢回复！
autopsf插件研究了下，照着图形化界面确实可以很好地从单体结构上制作一个聚合物分子，太感谢了！
我也试了下使用psfgen的patch命令，确实很有用。但我目前的操作下，需要先有整个聚合物分子的pdb文件，同时还需要将每个单体的resid分别标记，不然单体间的连接会有问题。如果聚合物分子结构复杂点的话，暂时感觉patch命令不是很好用，但比较小的聚合物分子情况下，patch效果不错。
再次感谢！

作者
Author: saiwaihanmei 时间: 2018-1-13 16:18

po390 发表于 2015-11-25 23:58
非常感谢回复！
autopsf插件研究了下，照着图形化界面确实可以很好地从单体结构上制作一个聚合物分子， ...

楼主你好，我最近也打算用namd研究聚合物，能教教我你用autopsf和psfgen中patch命令形成聚合物psf文件的具体步骤吗？非常感谢。

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)