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标题: 范德瓦尔斯修正怎么使用呢？ [打印本页]

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Author: lc00 时间: 2015-11-24 09:30
标题: 范德瓦尔斯修正怎么使用呢？
小弟，在用GGA-PBE算晶胞参数，表面，吸附问题的时候。发现不加范德瓦尔斯修正的时候，晶胞参数变化比较大。想请问一下，算表面，吸附问题的时候是不是也需要使用范德瓦尔斯修正呢。因为算晶胞参数的时候使用了。范德瓦尔斯修正分为T-S和DFT-D2，应该如何选择呢。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-11-24 10:04
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... hlight=%C9%AB%C9%A2这篇帖子jiewei兄在1#、3#、12#收集了一些数据，大体上看下来DFT-D2结果好点。

TS其实分为TS和TS-SCS，SCS需要额外对屏蔽极化率进行自洽（原文还没来得及研究），有可能会费时，但TS-SCS具体的性能我没测试过。

原理上还是vdW-DF和M06L靠得住一些，尤其是后者综合性能让人比较放心。

作者
Author: lc00 时间: 2015-11-24 14:59

卡开发发发表于 2015-11-24 10:04
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=387&highlight=%C9%AB%C9%A2这篇帖子jiewei兄在1#、 ...

我考虑了T-S和DFT-D2修正，计算了晶胞参数，发现变化都比较小，和文献符合也比较好。我在算表面和吸附的时候，是不是也得使用T-S或者DFT-D2修正呢。

作者
Author: 万里云 时间: 2015-11-24 16:12

lc00 发表于 2015-11-24 14:59
我考虑了T-S和DFT-D2修正，计算了晶胞参数，发现变化都比较小，和文献符合也比较好。我在算表面和吸附 ...

晶胞参数倒是和vdW修正关系不太大，表面吸附必须要考虑。

纯GGA的结果还不如简单的LDA可靠。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-11-24 19:20

lc00 发表于 2015-11-24 14:59
我考虑了T-S和DFT-D2修正，计算了晶胞参数，发现变化都比较小，和文献符合也比较好。我在算表面和吸附 ...

那当然都考虑，使用一种即可。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-11-24 19:31

万里云发表于 2015-11-24 16:12
晶胞参数倒是和vdW修正关系不太大，表面吸附必须要考虑。

纯GGA的结果还不如简单的LDA可靠。

有些关系，DFT-D对于晶格还是有修正的，以前fitting EOS还是发现结果很不同的。撇开后期计算表面，对于近均匀系统如金属等，LDA结果确实很好。但是对于离子性比较强的体系，GGA当中有PBEsol、Wu-Cohen、SOGGA结果会比较好，但这些方法计算均匀体系可能也不如LDA。但后期因为要处理吸附，LDA键能和反应势垒都没法看。还有，DFT+U比不考虑+U晶格稍大。

如果后期要正确进行电子结构方面的分析，弱作用的校正就得在泛函层面上修正。

作者
Author: 万里云 时间: 2015-11-24 19:37

卡开发发发表于 2015-11-24 19:31
有些关系，DFT-D对于晶格还是有修正的，以前fitting EOS还是发现结果很不同的。撇开后期计算表面，对于近 ...

嗯。这个确实。

“纯GGA的结果还不如简单的LDA可靠。”这个主要是针对吸附和层状材料讲的。

这是最近看到的层状黑磷的例子。GGA/metaGGA/Hybrid糟得一塌糊涂。
(, 下载次数 Times of downloads: 124)

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-11-24 19:55

万里云发表于 2015-11-24 19:37
嗯。这个确实。

“纯GGA的结果还不如简单的LDA可靠。”这个主要是针对吸附和层状材料讲的。

两个例子来看反而PBE-D2比较好，对于bulk就类似均匀体系，LDA确实显示了不错的性能。

杂化泛函HF项的比例也是个问题，不过尚不确定屏蔽杂化泛函如何。倒是比较好奇文中DMC怎么做结构优化的

作者
Author: lc00 时间: 2015-12-21 21:54

卡开发发发表于 2015-11-24 19:55
两个例子来看反而PBE-D2比较好，对于bulk就类似均匀体系，LDA确实显示了不错的性能。

杂化泛函HF项的 ...

吸附的分子，是不是也得使用和优化表面一样的vdW修正呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-12-22 01:59

lc00 发表于 2015-12-21 21:54
吸附的分子，是不是也得使用和优化表面一样的vdW修正呢？

对

作者
Author: lc00 时间: 2015-12-22 09:38

卡开发发发表于 2015-12-22 01:59
对

优化吸附分子和优化表面的一些参数不一样怎么办呢，encut和k点不一样。smearing方法，分子采用Gaussian，0.2；表面采用M-P，0.1。吸附计算和优化表面的参数设置是一样的。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-12-22 10:03

lc00 发表于 2015-12-22 09:38
优化吸附分子和优化表面的一些参数不一样怎么办呢，encut和k点不一样。smearing方法，分子采用Gaus ...

不打紧啊，只要泛函一样就行，KPOINTS必然不会一样，一般分子取Gamma（实际上格子够大的话去多少都无所谓），截断能一般也是各自测试结果收敛即可，实际上参数选取只要保证测试收敛就行（而不是相同）。展宽的问题可以看看ENTRO多大，如果比较大的话建议对结构额外使用小的展宽分别自洽再取其能量，避免引入展宽导致能量计算不准确。

作者
Author: liu_tiao 时间: 2016-5-3 09:52
本帖最后由 liu_tiao 于 2016-5-3 09:53 编辑

卡开发发发表于 2015-12-22 10:03
不打紧啊，只要泛函一样就行，KPOINTS必然不会一样，一般分子取Gamma（实际上格子够大的话去多少都无所谓 ...

使用泛函GGA-PBE加上T-S或者DFT-D2修正，和单独使用范德华密度泛函vdW-DF，vdW-DF2，的效果会不会差不多呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-5-3 10:28

liu_tiao 发表于 2016-5-3 09:52
使用泛函GGA-PBE加上T-S或者DFT-D2修正，和单独使用范德华密度泛函vdW-DF，vdW-DF2，的效果会不会 ...

定性上效果肯定是差不多的。TS很多时候高估，但是对极性强的体系反而低估（即便TS-SCS也是如此）；DFT-D2大部分情况能给出不错的结果，但严格来说C6原理上毕竟不是个常数；vdW-DF一类（包括VV）其实也很依赖参数的选取，固体体系有人做过测试，其中vdW-optB88和vdW-optB86b还可以。

作者
Author: liu_tiao 时间: 2016-5-13 17:10

卡开发发发表于 2016-5-3 10:28
定性上效果肯定是差不多的。TS很多时候高估，但是对极性强的体系反而低估（即便TS-SCS也是如此）；DFT-D2 ...

在进行吸附计算的时候，使用GGA-PBE+DFT-D2修正，为什么计算出来的吸附能都比文献偏大（大概多了0.2,0.3ev左右的大小，有些甚至达到了0.5ev）。所参考的文献都没有提到van der Waals修正问题。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-5-13 18:10

liu_tiao 发表于 2016-5-13 17:10
在进行吸附计算的时候，使用GGA-PBE+DFT-D2修正，为什么计算出来的吸附能都比文献偏大（大概多了0. ...

这个很难说，基函数的形式和有效芯势的处理都会有影响，这点jiewei兄以前开过帖子提到过这个问题。

作者
Author: liu_tiao 时间: 2016-5-13 18:26

卡开发发发表于 2016-5-13 18:10
这个很难说，基函数的形式和有效芯势的处理都会有影响，这点jiewei兄以前开过帖子提到过这个问题。

我记得在文献中，看到过DFT低估吸附能。因为我计算的吸附能都变大了一点，那我就解释为可能是因为使用了DFT-D2的原因吧。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-5-13 19:14

liu_tiao 发表于 2016-5-13 18:26
我记得在文献中，看到过DFT低估吸附能。因为我计算的吸附能都变大了一点，那我就解释为可能是因为使 ...

不好说，最好排除赝势、基函数的影响，有可能你的DFT计算得到的吸附能就比文献的DFT要来的大，做个不考虑DFT-D2的做个比较好了，

作者
Author: liu_tiao 时间: 2016-5-26 14:47

卡开发发发表于 2016-5-13 19:14
不好说，最好排除赝势、基函数的影响，有可能你的DFT计算得到的吸附能就比文献的DFT要来的大，做个不考虑 ...

DFT-D2一般适用到多少号原子呢。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-5-26 20:05

liu_tiao 发表于 2016-5-26 14:47
DFT-D2一般适用到多少号原子呢。

前五周期。

作者
Author: liu_tiao 时间: 2016-6-23 17:34
本帖最后由 liu_tiao 于 2016-6-23 17:36 编辑

卡开发发发表于 2016-5-26 20:05
前五周期。

卡哥，我又来了。。。我计算的是MoS2的一些表面吸附问题。使用的泛函是GGA-PBE，加了色散校正DFT-D2。因为在两台不同机器上面算的。一台机器vasp版本是5.3.3，另外一台是vasp5.3.2。但是我的INCAR中都设置为LVDW=.TRUE. VDW_SCALING=0.75。我查看了相关资料，发现不同的vasp版本色散校正的方法不太一样，参数也有所区别。不知道我这里使用vasp5.3.3和vasp5.3.2这两种版本，他们的DFT-D2色散校正都使用LVDW=.TRUE. VDW_SCALING=0.75是否妥当。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-6-23 20:21
本帖最后由卡开发发于 2016-6-23 20:22 编辑

liu_tiao 发表于 2016-6-23 17:34
卡哥，我又来了。。。我计算的是MoS2的一些表面吸附问题。使用的泛函是GGA-PBE，加了色散校正DFT-D2。因 ...

纳尼

？DFT-D2就是DFT-D2，原子的参数和全局参数如果未经申明都应当一样。但个别参数的写法新的版本与老版本稍微有差异，知道每个函数对应什么，按着文献设置就行。不同的版本如果不是bug修正这类问题，结果不能再现，要么是编译的问题，要么就是程序bug。

作者
Author: hopedream 时间: 2017-8-15 16:32

lc00 发表于 2015-11-24 14:59
我考虑了T-S和DFT-D2修正，计算了晶胞参数，发现变化都比较小，和文献符合也比较好。我在算表面和吸附 ...

请问DFT+D2中D2是指设置哪个参数啊是 Scheme parameters里的d值吗

作者
Author: 不明嚼栗子 时间: 2019-7-31 10:11

liu_tiao 发表于 2016-5-13 18:26
我记得在文献中，看到过DFT低估吸附能。因为我计算的吸附能都变大了一点，那我就解释为可能是因为使 ...

您好，请问您最后怎么处理的这种情况，我也是不加范德华修正时吸附能和文献接近，加了修正后吸附能大了0.7eV左右，文献也没提范德华修正，我不知道该不该加修正了，谢谢您

作者
Author: granvia 时间: 2019-7-31 10:58

卡开发发发表于 2016-5-13 19:14
不好说，最好排除赝势、基函数的影响，有可能你的DFT计算得到的吸附能就比文献的DFT要来的大，做个不考虑 ...

按我的经验以及别人的，DFT-D2普遍高估色散作用。现在都D3了，为什么不用呢？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2019-7-31 12:27
本帖最后由卡开发发于 2019-7-31 12:28 编辑

granvia 发表于 2019-7-31 10:58
按我的经验以及别人的，DFT-D2普遍高估色散作用。现在都D3了，为什么不用呢？

LZ还在用LVDW的参数（version<=5.3.3），要啥自行车23333。
就现在而言，D3也只是比D2略好一点，比如MBD@rsSCS等都是更好的选择（比如针对Dobson-B）。

作者
Author: Marisa 时间: 2019-7-31 20:34

卡开发发发表于 2016-5-13 19:14
不好说，最好排除赝势、基函数的影响，有可能你的DFT计算得到的吸附能就比文献的DFT要来的大，做个不考虑 ...

化学吸附一般不用加范德华矫正吧，物理吸附需要考虑

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-31 22:50

Marisa 发表于 2019-7-31 20:34
化学吸附一般不用加范德华矫正吧，物理吸附需要考虑

有不少文章表明，对于牵扯过渡金属成键的过程，加色散校正对结果的影响往往也是很显著的，只不过加不加通常是定量程度的影响，而不是物理吸附那种定性层面的影响

作者
Author: Marisa 时间: 2019-8-1 10:12

sobereva 发表于 2019-7-31 22:50
有不少文章表明，对于牵扯过渡金属成键的过程，加色散校正对结果的影响往往也是很显著的，只不过加不加通 ...

恩，谢谢sob老师指出，我的体系测试过范德华作用，倒没想到这么多

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