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标题: 求助分子动力学中的warning不太理解，希望大家帮助一下 [打印本页]

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Author: gmx-xx 时间: 2021-3-7 20:43
标题: 求助分子动力学中的warning不太理解，希望大家帮助一下
1.跑pull的分子动力学时，出现了A pull vector is given (0 0 1) but will not be used with geometry distance. If you really want to use this vector, consider using geometry direction instead.
请问大家如果按照提示所说的使用geometry direction呢，mdp应该怎么写呢？
2. Too few parameters on line (source file /home/zx/soft/gromacs-2018.4/gromacs-2018.4/src/gromacs/gmxpreprocess/toppush.cpp, line 1842)
Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'Other_chain_A'
Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'Other_chain_B'
Excluding 3 bonded neighbours molecule type '4QMV'

警告中告诉拓扑文件中太少的参数是指什么意思啊？
3.The bond in molecule-type 4QMV between atoms 1 H44 and 2 C38 has an estimated oscillational period of 6.3e-03 ps, which is less than 5 times
the time step of 3.0e-02 ps Maybe you forgot to change the constraints mdp option.
振荡周期是什么意思啊，请问mdp的限制应该如何修改呢？
4.You are using pressure coupling with absolute position restraints, this will give artifacts. Use the refcoord_scaling option.
这句话指的什么意思呢？请问大家，然后怎么使用提示中所说的refcoord_scaling 选项呢？
希望老师们能够不吝赐教，谢谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-8 00:11
2 定义参数的地方实际定义的值的数目比程序要求的更少，没按程序要求的内容进行定义

3 键距离完整伸缩一个来回的时间跨度。当前步长用得太大，或者没用constraint = hbonds

3 看手册了解位置限制的refcoord_scaling几种设置的区别

作者
Author: yinjing_hao 时间: 2021-5-22 21:46
本帖最后由 yinjing_hao 于 2021-5-22 22:19 编辑

请问sob老师所说“定义参数的地方实际定义的值的数目比程序要求的更少，没按程序要求的内容进行定义
”需要怎样修改呢，忽略warning结果能量最小化这步就进行不下去。。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-6-1 16:00

yinjing_hao 发表于 2021-5-22 21:46
请问sob老师所说“定义参数的地方实际定义的值的数目比程序要求的更少，没按程序要求的内容进行定义
”需 ...

自行看手册，了解相应的字段都需要定义哪些项

作者
Author: xishaofan 时间: 2024-9-23 16:58

yinjing_hao 发表于 2021-5-22 21:46
请问sob老师所说“定义参数的地方实际定义的值的数目比程序要求的更少，没按程序要求的内容进行定义
”需 ...

你好，请问你解决了嘛，怎么排查呀。我也遇到同样的问题，但maxwarn可以进行下去。期待你的回复

Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'Br'
turning H bonds into constraints...
Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'sdbs'

作者
Author: GGB-HEU 时间: 2025-4-18 02:02
本帖最后由 GGB-HEU 于 2025-4-18 08:54 编辑

xishaofan 发表于 2024-9-23 16:58
你好，请问你解决了嘛，怎么排查呀。我也遇到同样的问题，但maxwarn可以进行下去。期待你的回复

已解决，是top文件没有准确描述分子数量导致

作者
Author: student0618 时间: 2025-4-18 02:50

GGB-HEU 发表于 2025-4-18 02:02
您好，我也遇到这样的问题，后面是怎么解决，我这个连maxwarn也不可以

完整报错是什么？

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