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标题: 混合溶剂建模时分子数量和比例设置求助 [打印本页]

作者
Author: liurongjuan 时间: 2020-11-16 23:49
标题: 混合溶剂建模时分子数量和比例设置求助
请教下各位老师，我想用Gromacs模拟在混合溶剂里的超分子组装，实验中氯仿和正己烷的比例是1:10，那么在建模时该怎么确定两者的比例呢？是按照实际体系中两者的体积比建模？还是按照分子数目的比建模？
谢谢各位老师啦～

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-17 01:51
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“混合溶剂建模时分子数量的设置”改了，以后务必注意

你先弄清楚实验的比例具体指什么，摩尔比、体积比还是质量比，相应地建模就完了。如果有摩尔比就直接在诸如packmol程序里设置相应数目比，如果是体积比就去查纯物质密度换算，如果是质量比就根据摩尔分子质量换算。

作者
Author: liurongjuan 时间: 2020-11-17 09:00

sobereva 发表于 2020-11-17 01:51
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，仔细 ...

好的，谢谢老师！
实验中是体积比1:10，那么在模拟中我如果建一个总体积为11nm2的盒子，我应该在其中的10nm2放入一种溶剂分子,剩余的1nm2放入另一种溶剂分子，然后根据相应溶剂的密度计算出相应的分子数量，这样对吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-11-18 02:35

liurongjuan 发表于 2020-11-17 09:00
好的，谢谢老师！
实验中是体积比1:10，那么在模拟中我如果建一个总体积为11nm2的盒子，我应该在其中的1 ...

我不晓得为什么你要把盒子划分也弄成体积比，如果你确实想让一开始两部分处于两相，那倒说得过去

如果没这个要求，你就考虑一个足够大的盒子，根据体积比算出数目比，并瞎猜一个差不多能填满盒子的数目，然后用packmol指定两类分子数目去填就行了。如果反复迭代填不进去，就减少总数；如果发现太稀疏，再加大总数

作者
Author: youzi96 时间: 2023-6-12 14:00

liurongjuan 发表于 2020-11-17 09:00
好的，谢谢老师！
实验中是体积比1:10，那么在模拟中我如果建一个总体积为11nm2的盒子，我应该在其中的1 ...

你好，我现在也需要做正己烷中的MD，想请问一下你的正己烷拓扑文件是怎么生成的呀？我用ATB递交正己烷就会显示无响应，谢谢！

作者
Author: 13277552957 时间: 2025-4-12 17:12

youzi96 发表于 2023-6-12 14:00
你好，我现在也需要做正己烷中的MD，想请问一下你的正己烷拓扑文件是怎么生成的呀？我用ATB递交正己烷就 ...

同问插眼，我直接用CGenFF生成top，用charmm36力场，直接solvet命令把正己烷添加到盒子可以吗

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