计算化学公社

标题: 胺分子负载在石墨烯表面的吸附剂，用AIMD可以描述化学反应吗？ [打印本页]

作者
Author: qwe1832518773 时间: 2020-10-20 11:06
标题: 胺分子负载在石墨烯表面的吸附剂，用AIMD可以描述化学反应吗？
本帖最后由 qwe1832518773 于 2020-10-20 13:47 编辑

做了一个胺分子负载在石墨烯表面的吸附剂，然后在上方放了一些CO2分子，用cp2k做AIMD，跑了快1.8ps了，丝毫看不见CO2与胺有什么想要反应的预兆，甚至CO2分子都不往胺分子之间的空隙中扩散，这是为什么呢？体系总共242个原子，基组用的BASIS_MOLOPT，势函数用的GTH_POTENTIALS，温度600K，步长2fs。

(, 下载次数 Times of downloads: 24) 0.2ps (, 下载次数 Times of downloads: 41) 1.7ps

作者
Author: biogon 时间: 2020-10-20 11:54
本帖最后由 biogon 于 2020-10-20 14:55 编辑

能的，但是这个摆法显然不容易观察到有反应发生 (, 下载次数 Times of downloads: 28)

作者
Author: wolfli369 时间: 2020-10-20 12:20
AIMD能做化学反应。可以尝试调节温度范围。或者增加反应时间

作者
Author: 朙天儿 时间: 2020-10-20 12:25
一种，CO2初始就放在胺分子周围；再一种，上面侧加一段时间压力差，使CO2有向下走的趋势，但是不知是否符合反应条件，是不是能轻松实现。

作者
Author: qwe1832518773 时间: 2020-10-20 12:38

随心恣意发表于 2020-10-20 11:22
请问楼主解决这个问题了吗？

准备试试楼下两位的回复

作者
Author: qwe1832518773 时间: 2020-10-20 12:40

wolfli369 发表于 2020-10-20 12:20
AIMD能做化学反应。可以尝试调节温度范围。或者增加反应时间

感谢回复，我用600K是想让CO2分子扩散快一些，因为想看到CO2扩散进入胺分子之间空隙。但是目前看不出这个趋势，是因为我的胺分子间隔太小了的缘故吗？

作者
Author: qwe1832518773 时间: 2020-10-20 12:41

朙天儿发表于 2020-10-20 12:25
一种，CO2初始就放在胺分子周围；再一种，上面侧加一段时间压力差，使CO2有向下走的趋势，但是不知是否符合 ...

感谢回复！打算先降一下温度试试看

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-20 13:19

biogon 发表于 2020-10-20 11:54
能的，但是这个摆法显然不容易观察到有反应发生

贴图方式不对，其他人看不到。请重新编辑帖子并阅读置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图，此问题在这里特意强调了：http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-20 13:25
VMD的图形窗口里按住鼠标左键拖动，松手的时候如果仍然有速度，体系就会一直旋转

AIMD最大价值之一就是能描述化学反应的动态过程，当然能描述化学反应

能否反应和原子间相对运动速度、相对朝向关系极大，不是很容易发生的反应（诸如自由基复合等）显然不是随便一摆就能自发跑出来的。多看看相关文章研究了解基本知识、模拟条件的设置。

作者
Author: k64_cc 时间: 2020-10-20 13:27
常用的时间尺度下，brute-force MD只能跨越kbT level的能垒，所以靠裸跑MD看见化学反应本身就很难。

考虑用bias sampling方法吧。

作者
Author: 朙天儿 时间: 2020-10-20 13:36

qwe1832518773 发表于 2020-10-20 12:41
感谢回复！打算先降一下温度试试看

只降温恐怕没效果。

作者
Author: qwe1832518773 时间: 2020-10-20 13:37

sobereva 发表于 2020-10-20 13:25
VMD的图形窗口里按住鼠标左键拖动，松手的时候如果仍然有速度，体系就会一直旋转

AIMD最大价值之一就是 ...

感谢sob老师回复，基础知识确实有所欠缺，多请教一个问题，那降低温度（比如降到300K）是否会有利于观察到化学反应呢？
之前想的是：我既然不知道怎么摆放更好的话，我就索性给一个高温（600K），这样分子运动会更快，会更容易看到化学反应。
以上两种想法是孰优孰劣呢，存在什么问题呢

作者
Author: qwe1832518773 时间: 2020-10-20 13:38

k64_cc 发表于 2020-10-20 13:27
常用的时间尺度下，brute-force MD只能跨越kbT level的能垒，所以靠裸跑MD看见化学反应本身就很难。

考 ...

感谢回复，cp2k小白先记下了，暂时还不太了解您说的这俩要怎么实现

作者
Author: qwe1832518773 时间: 2020-10-20 13:44

朙天儿发表于 2020-10-20 13:36
只降温恐怕没效果。

啊这样，但是光给CO2施加一个向下的力或者初速度要怎么实现呢

作者
Author: 朙天儿 时间: 2020-10-20 14:04

qwe1832518773 发表于 2020-10-20 13:44
啊这样，但是光给CO2施加一个向下的力或者初速度要怎么实现呢

大概知道反应温度压力吧，设置就尽量按照实际情况，而且初始摆放尽量靠近反应位点，不知道的位置话可以提出胺分子预测一下反应位点。不过这结构不太复杂，你的初始CO2向下平移，O贴近N多一些。
预测反应位点也可以成为工作的一部分。

作者
Author: qwe1832518773 时间: 2020-10-20 14:06

朙天儿发表于 2020-10-20 14:04
大概知道反应温度压力吧，设置就尽量按照实际情况，而且初始摆放尽量靠近反应位点，不知道的位置话可以提 ...

好的好的，感谢回复，我试试

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-10-21 00:31

biogon 发表于 2020-10-20 11:54
能的，但是这个摆法显然不容易观察到有反应发生

高级班的ppt已经有了？

作者
Author: biogon 时间: 2020-10-21 09:10

喵星大佬发表于 2020-10-21 00:31
高级班的ppt已经有了？

社长在群里发的

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-21 11:42

qwe1832518773 发表于 2020-10-20 13:37
感谢sob老师回复，基础知识确实有所欠缺，多请教一个问题，那降低温度（比如降到300K）是否会有利于观察 ...

在不考虑优势碰撞朝向的前提下，单纯说温度，显然温度越低越难反应，温度越高才容易使得反应物有足够的动能克服势垒而发生反应

欢迎光临计算化学公社 (http://ccc.keinsci.com/)