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标题: 关于SIESTA进行AIMD计算的一些疑问 [打印本页]

作者
Author: 薛定谔的老猫 时间: 2020-8-19 10:42
标题: 关于SIESTA进行AIMD计算的一些疑问
各位论坛的大佬好！小弟最近需要对凝聚相中团簇成核前期过程进行模拟，该过程中涉及到化学键的断裂和生成，拟用SIESTA软件进行AIMD计算。涉及的元素主要是Cd和S，还有一些C,O,H之类的有机配体。为了节省时间，对过程中比较重要的元素如Cd,S,O采用DZP基组，而卟是辣么重要的C,H采用SZP基组。当然泛函选取的时候考虑了弱相互作用，拟采用VDW-DF一类。目前我存在如下几个疑问：1. 我在决定或者设置总模拟的时长和每一步的时间的时候，需要考虑哪些问题，这个设置是否存在一些依据？2. 针对这样一个过程进行研究，最后我应该从哪些量来判断体系达到了平衡？网上看到的一些说法，主要是参考能量，温度，RMSD等量是否趋于收敛来看，有没有啥比较官方的建议呢？感谢呀！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-8-19 11:25
1 先跑一段，看看是否模拟时间内想要的现象已经出现，如果不够，再续跑就完了
步长和模拟温度有关，原则上温度越高应当步长越小。我用别的程序做BOMD形式的动力学，常温下，0.5 fs一般是稳妥的。

2 显然也得看结构变化。大幅的结构变化从轨迹上就能直接看出来。不同体系、问题判断平衡的标准完全不一样，公社论坛首页google框搜平衡判断，之前我回复过很多次这种问题

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