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标题: MS在提交任务过程中使用核数变为1核，算完又自动变回设定值 [打印本页]

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-8-8 10:57
标题: MS在提交任务过程中使用核数变为1核，算完又自动变回设定值
本帖最后由石头圭于 2020-8-9 17:39 编辑

这几天用MS提交任务后，计算速度变得奇慢，中途stop后查看输出文件，发现其使用核心数变成1核，可是我设置的是24核，1个72原子的体系能算94h，不知道有没有人遇到过类似问题，求解决方法。
使用自己的台式机6核算了以后也发现类似的问题，不过计算速度要比超算快一点。

作者
Author: wubingfeng 时间: 2020-8-9 17:13
frequency_analysis on 改为 frequency_analysis old试一试你在提交这个任务的时候，是不是并行计算的啊？

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-8-9 17:33

wubingfeng 发表于 2020-8-9 17:13
frequency_analysis on 改为 frequency_analysis old试一试你在提交这个任务的时候，是不是并行计算的啊？

请问一下这个选项是什么意思，关掉frequency么，还有怎么看是不是并行计算。。。我第一次用这种超算

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-8-9 17:41
本帖最后由石头圭于 2020-8-9 18:35 编辑

wubingfeng 发表于 2020-8-9 17:13
frequency_analysis on 改为 frequency_analysis old试一试你在提交这个任务的时候，是不是并行计算的啊？

它输出文件中有两个outmol文件，一个main_outmol 这个里面显示的核数是正常的，然后开始算频率的时候它就开始1核在运算

作者
Author: wubingfeng 时间: 2020-8-10 10:56
可能是这个问题，计算频率的时候，如果是并行计算（就是同时有多任务一起计算），frequency_analysis on 会把核心分出去，你在input文件中手动把这个关键词修改一下，然后递交计算应该就没事了。你可以用一个小体系算一下试试。我之前也遇到过类似的情况，优化的时候设定32个核心，但只调用了1个。

作者
Author: wubingfeng 时间: 2020-8-10 10:59

石头圭发表于 2020-8-9 17:33
请问一下这个选项是什么意思，关掉frequency么，还有怎么看是不是并行计算。。。我第一次用这种超算

这个关键词的意思是，在频率计算的时候，不把调用的核心分给别的平行计算任务。具体可以见手册的关键词。

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-8-10 16:49

wubingfeng 发表于 2020-8-10 10:59
这个关键词的意思是，在频率计算的时候，不把调用的核心分给别的平行计算任务。具体可以见手册的关键词。

好的，我试试，谢谢了

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-8-11 11:29

wubingfeng 发表于 2020-8-10 10:59
这个关键词的意思是，在频率计算的时候，不把调用的核心分给别的平行计算任务。具体可以见手册的关键词。

谢谢，问题解决了。现在是全部在运算了。

作者
Author: wubingfeng 时间: 2020-8-12 10:48

石头圭发表于 2020-8-11 11:29
谢谢，问题解决了。现在是全部在运算了。

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-8-12 12:12

wubingfeng 发表于 2020-8-12 10:48

您好，我还发现一个问题，我体系里是有66个原子，我固定座标了32个，那么算频率的时候应该只算其余的34个吧，我现在看outmol文件已经算到50个了，这导致我运算速度还是偏慢，这是什么原因。
【finite difference step for: atom 47 coordinate 1 step 2】
我原来的48原子体系，一般就算三四个原子就结束了，现在怎么算这么多

作者
Author: wubingfeng 时间: 2020-8-12 14:19

石头圭发表于 2020-8-12 12:12
您好，我还发现一个问题，我体系里是有66个原子，我固定座标了32个，那么算频率的时候应该只算其余的34个 ...

我用dmol3优化一个46T的团簇模型，也固定了外围的原子，频率计算的时候也同样计算这些固定坐标的原子，我认为是正常的，我不敢叫准，你可以发帖问问别人。另外，我发现这些外围固定坐标的原子上会有很多虚频。

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-8-12 16:27

wubingfeng 发表于 2020-8-12 14:19
我用dmol3优化一个46T的团簇模型，也固定了外围的原子，频率计算的时候也同样计算这些固定坐标的原子，我 ...

好的我想问一下你这个46原子体系优化需要多久，我这个48小时了还没结束。。。

作者
Author: wubingfeng 时间: 2020-8-12 16:51

石头圭发表于 2020-8-12 16:27
好的我想问一下你这个46原子体系优化需要多久，我这个48小时了还没结束。。。

不是48个原子，是48T，一个T是一个硅铝四面体，租了一个32核服务器，大概20多个小时吧

作者
Author: 石头圭 时间: 2020-8-12 17:15

wubingfeng 发表于 2020-8-12 16:51
不是48个原子，是48T，一个T是一个硅铝四面体，租了一个32核服务器，大概20多个小时吧

那你的体系挺大的啊，我这个才66原子，我24核算了48小时了。。

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