计算化学公社

标题: 模拟晶体和气体的化合反应过程，如CaO晶体和CO2反应生成CaCO3晶体，跑AIMD可行吗 [打印本页]

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作者
Author: reedfy    时间: 2020-7-25 18:21
标题: 模拟晶体和气体的化合反应过程，如CaO晶体和CO2反应生成CaCO3晶体，跑AIMD可行吗
对于气固反应，比如CaO和CO2，反应一段时间后，CaO的表面有一层CaCO3，CO2要通过CaCO3和CaO反应，在CaCO3中间层应该有离子扩散，想要模拟一下由CaO晶体转化为CaCO3晶体的形成过程。
因为还没有跑过AIMD，仅用vasp算过吸附和过渡态。不知道AIMD能不能模拟上述所说的反应(固体晶体和气体 生成另一固体晶体）？如果能的话，用什么软件合适？针对此类反应是否需要很多的计算时长？
希望大佬们能指点一二。谢谢。

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作者
Author: sobereva    时间: 2020-7-26 00:50
QE、CP2K这些原理上都能跑
可以通过高温加快分子热运动使得在较短时间内就能观察到想要的现象

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作者
Author: reedfy    时间: 2020-7-26 09:40

sobereva 发表于 2020-7-26 00:50
QE、CP2K这些原理上都能跑
可以通过高温加快分子热运动使得在较短时间内就能观察到想要的现象

多谢社长

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作者
Author: adong    时间: 2020-8-5 14:18

sobereva 发表于 2020-7-26 00:50
QE、CP2K这些原理上都能跑
可以通过高温加快分子热运动使得在较短时间内就能观察到想要的现象

sob老师，如果想用VASP的AIMD模拟纯溶液体系，例如EC、DEC的电解液，这个算是孤立体系吗？
VASP的AIMD结果分析时，如何区分不同溶剂分子中的同种原子，例如EC和DEC 中的氧原子

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作者
Author: sobereva    时间: 2020-8-9 04:15

adong 发表于 2020-8-5 14:18
sob老师，如果想用VASP的AIMD模拟纯溶液体系，例如EC、DEC的电解液，这个算是孤立体系吗？
VASP的AIMD ...

都凝聚相了，显然不是孤立体系

这跟VASP没直接关系，是轨迹分析程序的事。诸如在VMD里结合残基名和原子名，或者通过原子序号，可以选定不同分子中的氧
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

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作者
Author: adong    时间: 2020-8-9 10:24

sobereva 发表于 2020-8-9 04:15
都凝聚相了，显然不是孤立体系

这跟VASP没直接关系，是轨迹分析程序的事。诸如在VMD里结合残基名和原 ...

谢谢sob老师

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