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标题: 如何使用VMD做高斯轨迹文件的RMSD图 [打印本页]

作者
Author: zidu113 时间: 2015-9-24 11:36
标题: 如何使用VMD做高斯轨迹文件的RMSD图
sobereva 老师:
您好。
我在您的文章“将Gaussian从头算动力学轨迹转换为pdb轨迹的程序GauMDconv ” 的指导下，试着使用您文中提供的ADMP_example.fch示例文件，使用您提供的程序GauMDconv 将ADMP_example.fch转换为yxy.pdb轨迹文件，然后试着将这个yxy.pdb轨迹文件载入VMD（file-new molecule-yxy.pdb),
然后：进extensions-analysis-trajectory tool，取消noh复选框，点ALIGN，这时会出现提示：(error:cannot find molecule 0 in atomselects mol),继续再点RMSD会出现提示：(NO atom have been selected).
请问这究竟是怎么回事，我哪里操作出现了问题，

还望老师指导。多谢了。

作者
Author: zidu113 时间: 2015-9-24 15:14
sobereva 老师，谢谢您，根据您的另一篇文章，我找到自己的错误了。

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