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标题: 如何画环己烷的椅式构象转换图 [打印本页]

作者
Author: tianmafei 时间: 2020-6-7 08:40
标题: 如何画环己烷的椅式构象转换图
本帖最后由 tianmafei 于 2020-6-7 08:42 编辑

(, 下载次数 Times of downloads: 121) 请问，如何画出环己烷的椅式构象以及构象转换，从椅式转化为半椅式，扭船式，船式的变化过程？用什么软件能实现？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-6-7 11:33
搜索并示意一下你具体想要何种图

作者
Author: tianmafei 时间: 2020-6-7 16:29

liyuanhe211 发表于 2020-6-7 11:33
搜索并示意一下你具体想要何种图

我想画如上图所示的构象图，它可以演示出环己烷的构象转换过程。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-6-7 17:37

tianmafei 发表于 2020-6-7 16:29
我想画如上图所示的构象图，它可以演示出环己烷的构象转换过程。

你这不就是个静态的构象？如何演示转换过程

作者
Author: tianmafei 时间: 2020-6-7 19:12

liyuanhe211 发表于 2020-6-7 17:37
你这不就是个静态的构象？如何演示转换过程

上图只是我截的图，出处在大连理工大学的有机化学MOOC课，高占先教授主讲。里面有环己烷的构象转换视频，我截了屏。

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2020-6-7 19:27
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2020-6-7 19:30 编辑

tianmafei 发表于 2020-6-7 19:12
上图只是我截的图，出处在大连理工大学的有机化学MOOC课，高占先教授主讲。里面有环己烷的构象转换视频， ...

简单的：算个过渡态，然后导出虚频对应的振动的gif
复杂的：算个过渡态，然后跑irc，然后把每一帧的结构存成png，然后用别的工具制作gif。
柔性扫描也许也可以。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-6-7 19:38
本帖最后由 liyuanhe211 于 2020-6-7 19:41 编辑

tianmafei 发表于 2020-6-7 19:12
上图只是我截的图，出处在大连理工大学的有机化学MOOC课，高占先教授主讲。里面有环己烷的构象转换视频， ...

licecap录个屏呀，截个图谁知道它做的是哪种过程

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-8 15:58
最简单的流程：
拿Gaussian先把三种构象都优化出来，利用QST2获得相应的两种构象转变的TS，跑IRC，用gview把IRC动画直接导出成gif动画
用到的知识：
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460（http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html）
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400（http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html）

作者
Author: tianmafei 时间: 2020-6-9 08:22

sobereva 发表于 2020-6-8 15:58
最简单的流程：
拿Gaussian先把三种构象都优化出来，利用QST2获得相应的两种构象转变的TS，跑IRC，用gview ...

明白了，谢谢社长！

作者
Author: granvia 时间: 2020-6-9 12:05

sobereva 发表于 2020-6-8 15:58
最简单的流程：
拿Gaussian先把三种构象都优化出来，利用QST2获得相应的两种构象转变的TS，跑IRC，用gview ...

跑个MD是不是更简单？构像转换温度应该不会太高

作者
Author: sobereva 时间: 2020-6-9 15:27

granvia 发表于 2020-6-9 12:05
跑个MD是不是更简单？构像转换温度应该不会太高

MD没法给出最理想化的路径，实际分析起来也不方便

作者
Author: flyingchow 时间: 2021-10-12 09:20
本帖最后由 flyingchow 于 2021-10-12 09:24 编辑

sobereva 发表于 2020-6-8 15:58
最简单的流程：
拿Gaussian先把三种构象都优化出来，利用QST2获得相应的两种构象转变的TS，跑IRC，用gview ...

谢谢社长的指导，我在用qst2跑过渡态的时候，老是出现原子间距过小的报错。

请问您，我们建立初始船式构象核末尾椅式构象的时候，有什么需要注意的点使得这个过渡态寻找能更顺利吗？

(船式和椅式构象都经过优化了。)
谢谢！

作者
Author: asdf 时间: 2021-10-12 11:12
做过类似环幸烷结构带基团的构象转换，环己烷各结构已知，就按社长说的方法做。如果不知道构象结构，试试动力学搜索。环状结构参数复杂，不太好做柔性搜索。

作者
Author: flyingchow 时间: 2021-10-12 11:28

asdf 发表于 2021-10-12 11:12
做过类似环幸烷结构带基团的构象转换，环己烷各结构已知，就按社长说的方法做。如果不知道构象结构，试试动 ...

我就是按社长的方法跑qst2，但是总是报错，原子间距过小。

我不知道我的初始和终点结构有什么问题。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-10-12 17:37

flyingchow 发表于 2021-10-12 11:28
我就是按社长的方法跑qst2，但是总是报错，原子间距过小。

我不知道我的初始和终点结构有什么问题。

有问题你就把结构贴出来。上传输入输出文件，大家几秒就看出来了

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-12 20:37

flyingchow 发表于 2021-10-12 11:28
我就是按社长的方法跑qst2，但是总是报错，原子间距过小。

我不知道我的初始和终点结构有什么问题。

那是你用法不对，估计原子序号没有匹配正确，导致自动确定的过渡态初猜是扭曲的

我的培训里都有现成的例子

(, 下载次数 Times of downloads: 43)

跑完的输出文件
(, 下载次数 Times of downloads: 8)

作者
Author: flyingchow 时间: 2021-10-12 21:59

zjxitcc 发表于 2021-10-12 17:37
有问题你就把结构贴出来。上传输入输出文件，大家几秒就看出来了

大家好，这个就是我的输入文件附件。请大家帮忙检查一下，看看是哪里出了问题。谢谢。

作者
Author: flyingchow 时间: 2021-10-12 22:01

sobereva 发表于 2021-10-12 20:37
那是你用法不对，估计原子序号没有匹配正确，导致自动确定的过渡态初猜是扭曲的

我的培训里都有现成的 ...

谢谢老师，我人在美国，现在也不方便回国。上个月才远程上了您的入门版。希望近期开始进一步学习。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-10-12 22:07

flyingchow 发表于 2021-10-12 21:59
大家好，这个就是我的输入文件附件。请大家帮忙检查一下，看看是哪里出了问题。谢谢。

很明显结构十分不合理，14,15号氢两个几乎重合了，算之前不检查结构的么

作者
Author: flyingchow 时间: 2021-10-12 22:21

zjxitcc 发表于 2021-10-12 22:07
很明显结构十分不合理，14,15号氢两个几乎重合了，算之前不检查结构的么

我刚刚已经试成功了，我上传的不是我的输入文件。我的输入文件中结构是合理的，但是由于序号编的不对，跑的过程中14号15号就重合了。
谢谢各位公社社员以及社长的帮助。
社长的课程，为我打开新世界大门。

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