计算化学公社

标题: 求助用AIMD计算Pai-Pai相互作用 [打印本页]

作者
Author: DwyaneWan 时间: 2020-5-21 22:06
标题: 求助用AIMD计算Pai-Pai相互作用
我用cp2k的AIMD计算一个苯环和碳环的pai-pai相互作用，可是无论用NPT还是NVT,固定原子或者不固定原子，两个分子的距离都是越来越远，有什么办法可以可以是体系里两个分子的距离降低，然后我可以分析两者的pai-pai相互作用力呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-21 22:15
是pi不是pai
没有细节没法说。小环的情况下pi-pi堆积作用本来就弱，温度稍高自然就会飞走
而且用的理论方法也必须能描述pi-pi作用
另外pi-pi作用是很短程作用，不要指望一开始摆得很远也能靠色散力轻易吸过去

作者
Author: DwyaneWan 时间: 2020-5-21 23:59

sobereva 发表于 2020-5-21 22:15
是pi不是pai
没有细节没法说。小环的情况下pi-pi堆积作用本来就弱，温度稍高自然就会飞走
而且用的理论方 ...

感谢sob老师的纠正。
我本想计算一个多巴胺分子与碳纳米管的pi-pi作用，考虑到计算成本的问题，我从碳纳米管上截取了5个六圆环下做成平面状结构，不过我摆的距离的确有些远。我第一次测试的是用300K的NVT，后来我测试了1bar的NPT，结果都是跑开了。是不是应该摆近点？温度不要设置太高呢？

作者
Author: 啦啦黑还黑 时间: 2020-5-22 12:03
加D3校正了没？

作者
Author: DwyaneWan 时间: 2020-5-22 12:32

啦啦黑还黑发表于 2020-5-22 12:03
加D3校正了没？

加了D3校正了

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-23 02:29

DwyaneWan 发表于 2020-5-21 23:59
感谢sob老师的纠正。
我本想计算一个多巴胺分子与碳纳米管的pi-pi作用，考虑到计算成本的问题，我从碳纳 ...

先用比如100 K，初始距离摆近点再试。

另外，五个六元环偏小，边界效应会很显著。

不妨先拿xtb跑动力学（或者CP2K里GFN-xTB也可以），使用方便，速度贼快，对于这种体系的动力学也定性靠谱。等跑出感觉了，再换CP2K或其它程序跑DFT的东西学。

作者
Author: DwyaneWan 时间: 2020-5-24 00:57

sobereva 发表于 2020-5-23 02:29
先用比如100 K，初始距离摆近点再试。

另外，五个六元环偏小，边界效应会很显著。

嗯嗯感谢SOB老师

作者
Author: DwyaneWan 时间: 2020-5-24 19:20

sobereva 发表于 2020-5-23 02:29
先用比如100 K，初始距离摆近点再试。

另外，五个六元环偏小，边界效应会很显著。

Sob老师，除了通过完成AIMD之后，选取反应路径上得坐标，得出PDOS图来看pipi相互作用？能否通过计算反应前后的单点能然后算出结合能推出pipi相互作用呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-25 02:39

DwyaneWan 发表于 2020-5-24 19:20
Sob老师，除了通过完成AIMD之后，选取反应路径上得坐标，得出PDOS图来看pipi相互作用？能否通过计算反应 ...

pi-pi属于弱相互作用，不会显著影响分子的电子结构，因此从PDOS图上看不出来什么。
如果你想图形化考察pi-pi作用，把结构取出来用Multiwfn做个IGM分析就可以：
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407（http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html）
结合能并不总能和pi-pi作用能对应，这得看具体结构，可能有的结构下主要作用是pi-氢键，或者pi-氢键与pi-pi各占一定成份。

作者
Author: DwyaneWan 时间: 2020-5-26 22:08

啦啦黑还黑发表于 2020-5-22 12:03
加D3校正了没？

刘博士，我用cp2k计算碳纳米管得LUMO和HOMO，可是它只是显示局部的，我把图片上传上来了。我把NLUMO和NHOMO都调成-1，会出现很多文件，每个文件的LUMO和HOMO都不一样，如果我想计算出全部的LUMO和HOMO该怎么修改参数呢？

作者
Author: DwyaneWan 时间: 2020-5-30 00:40

sobereva 发表于 2020-5-25 02:39
pi-pi属于弱相互作用，不会显著影响分子的电子结构，因此从PDOS图上看不出来什么。
如果你想图形化考察p ...

sob老师，我用GxTBFN-xTB跑完之后，dispersion energy 的变化是这样，那么辅之以IGM散点图出现的极值点，这能说明是pi-pi相互作用嘛？？
另外，这个dispersion energy的图是正常的嘛？我看别人论文里，相互作用之后整体能量是更低的。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-30 14:33

DwyaneWan 发表于 2020-5-30 00:40
sob老师，我用GxTBFN-xTB跑完之后，dispersion energy 的变化是这样，那么辅之以IGM散点图出现的极值点， ...

GxTBFN-xTB明显拼错了

拿这种曲线图讨论也太抽象了，得结合实际轨迹的结构图讨论
要用IGM等值面图说事，明显比散点图直观得多。某一时刻是否有显著pi-pi作用一看IGM等值面图立刻就清楚了

作者
Author: DwyaneWan 时间: 2020-5-30 17:11

sobereva 发表于 2020-5-30 14:33
GxTBFN-xTB明显拼错了

拿这种曲线图讨论也太抽象了，得结合实际轨迹的结构图讨论

好的，谢谢sob老师

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