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标题: 初学高斯请教一个二面角扫描问题 [打印本页]

作者
Author: fzmn 时间: 2015-9-4 20:22
标题: 初学高斯请教一个二面角扫描问题
大家好，初学高斯请教一个问题，下面这个图是怎么做的？

作者
Author: tjuchan 时间: 2015-9-4 22:25
是二面角柔性扫描吗？
%chk=8541.chk
# opt=modredundant b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity

8541

0 1
C
O                1          B1
H                1          B2 2          A1
C                1          B3 2          A2 3          D1 0
C                4          B4 1          A3 2          D2 0
H                4          B5 1          A4 2          D3 0
H                5          B6 4          A5 1          D4 0
C                5          B7 4          A6 1          D5 0
H                8          B8 5          A7 4          D6 0
H                8          B9 5          A8 4          D7 0
H                8          B10 5          A9 4          D8 0

B1          1.25840000
B2          1.07000000
B3          1.54000000
B4          1.35520000
B5          1.07000000
B6          1.07000000
B7          1.54000000
B8          1.07000000
B9          1.07000000
B10          1.07000000
A1          120.00000000
A2          120.00000000
A3          120.00000000
A4          120.00000000
A5          120.00000000
A6          120.00000000
A7          109.47122063
A8          109.47122063
A9          109.47122063
D1       -180.00000000
D2          180.00000000
D3          -0.00000000
D4          -0.00000000
D5          180.00000000
D6          90.00000000
D7       -150.00000000
D8          -30.00000000

1 2 2.0 3 1.0 4 1.0
2
3
4 5 2.0 6 1.0
5 7 1.0 8 1.0
6
7
8 9 1.0 10 1.0 11 1.0
9
10
11

D 1 4 5 8 180.0 S 18 ±10.0
应该是这样的吧！！ PS：第一次回答问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-4 23:45
最后不能写±10.0，要么+10.0要么-10.0
这种问题一试就知道。

作者
Author: fzmn 时间: 2015-9-5 11:20

tjuchan 发表于 2015-9-4 22:25
是二面角柔性扫描吗？
%chk=8541.chk
# opt=modredundant b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity

非常感谢！

作者
Author: fzmn 时间: 2015-9-5 11:20

sobereva 发表于 2015-9-4 23:45
最后不能写±10.0，要么+10.0要么-10.0
这种问题一试就知道。

非常感谢sob老师！

作者
Author: fzmn 时间: 2015-9-5 19:19

tjuchan 发表于 2015-9-4 22:25
是二面角柔性扫描吗？
%chk=8541.chk
# opt=modredundant b3lyp/6-31+g(d,p) geom=connectivity

您好，初学高斯，请问下扫描图能通过Gaussview看到？谢谢！

作者
Author: tjuchan 时间: 2015-9-5 19:51

fzmn 发表于 2015-9-5 19:19
您好，初学高斯，请问下扫描图能通过Gaussview看到？谢谢！

可以吧，右键results有个scan应该会出来！

作者
Author: fzmn 时间: 2015-9-6 11:40

tjuchan 发表于 2015-9-5 19:51
可以吧，右键results有个scan应该会出来！

嗯，请问下为什么我的横坐标是步数不是扭转角的度数？

作者
Author: tjuchan 时间: 2015-9-6 13:53

fzmn 发表于 2015-9-6 11:40
嗯，请问下为什么我的横坐标是步数不是扭转角的度数？

没算完？

作者
Author: fzmn 时间: 2015-9-6 14:59

tjuchan 发表于 2015-9-6 13:53
没算完？

嗯，没有算完，中断了，我想是不是我参数设置的问题？您做过这方面吗？初始二面角应该怎么设置？看好多文献扫描图都是从-180到180，非常感谢！

作者
Author: tjuchan 时间: 2015-9-6 21:28

fzmn 发表于 2015-9-6 14:59
嗯，没有算完，中断了，我想是不是我参数设置的问题？您做过这方面吗？初始二面角应该怎么设置？看好多文 ...

没算完或者中途查看的话应该是只显示步数，你也可以自己乘以你的步长。初始二面角不是就设置成为你优化完后的二面角吗？G09D版本应该不需要设置初始二面角吧

作者
Author: tjuchan 时间: 2015-9-6 21:32

tjuchan 发表于 2015-9-6 21:28
没算完或者中途查看的话应该是只显示步数，你也可以自己乘以你的步长。初始二面角不是就设置成为你优化完 ...

大致分两段后-180°前加180°，步长10°，扫描36+2(原点)应该就完事了！

作者
Author: fzmn 时间: 2015-9-6 21:48

tjuchan 发表于 2015-9-6 21:32
大致分两段后-180°前加180°，步长10°，扫描36+2(原点)应该就完事了！

分两段是什么意思？刚学高斯不太懂，我用的是G09W,优化后的二面角是165度，怎么分段呢？非常感谢您的回答！

作者
Author: fzmn 时间: 2015-9-6 22:32

tjuchan 发表于 2015-9-6 21:32
大致分两段后-180°前加180°，步长10°，扫描36+2(原点)应该就完事了！

您好，请问我优化的二面角是165度，怎么扫描才能使扫描图的横坐标是-180到180？非常感谢您，打扰您啦，初学高斯真是不懂，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-7 02:50
给你个例子，双氧水二面角从0扫到360度

# b3lyp/sto-3g opt=modredundant
Title Card Required
0 1
O
H 1 B1
O 1 B2 2 A1
H 3 B3 1 A2 2 D1
B1 0.96000000
B2 1.32000000
B3 0.96000000
A1 109.50000006
A2 109.50000006
D1 0.0
4 3 1 2 S 18 20.0

复制代码

(, 下载次数 Times of downloads: 84)

你之前优化后的二面角是多少和当前问题没关系。你得把先手动把二面角摆成扫描时的初始值（上例是0度）。

作者
Author: fzmn 时间: 2015-9-7 08:10

sobereva 发表于 2015-9-7 02:50
给你个例子，双氧水二面角从0扫到360度

我懂了，非常感谢老师的耐心解答！

作者
Author: tjuchan 时间: 2015-9-7 11:03

sobereva 发表于 2015-9-7 02:50
给你个例子，双氧水二面角从0扫到360度

没有必要非得-180°到180°吧，只要360°范围就好了，毕竟是周期函数！对吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-7 11:23

tjuchan 发表于 2015-9-7 11:03
没有必要非得-180°到180°吧，只要360°范围就好了，毕竟是周期函数！对吗？

原理上也可以这么说。只不过作图的时候再把横坐标平移一下弄好零点

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