计算化学公社

标题: 求助gromacs计算rdf时如何消除分子内峰？ [打印本页]

作者
Author: 滚滚滚拉 时间: 2020-3-12 23:51
标题: 求助gromacs计算rdf时如何消除分子内峰？
计算A分子O-H的RDF，如何排除分子内的O-H峰？
看手册介绍，可以用-cut来设定计算时所考虑的最短距离，请问cut应该如何设置比较好？

（1）若O和H之间距离很近，是否将cut设为它们之间的距离就可以？

（2）若O和H的位置分别在A分子的两端，假设他们之间的距离为3A（分子内的距离），
但分子间它们却可能形成氢键，比如氢键的距离在2.5A，那么应该如何设置呢？或者还有别的办法嘛？

作者
Author: wbn 时间: 2020-3-13 02:41
我在这篇文章里看到过计算分子内和分子间的rdf，我发信问过作者怎么做，但是我没有自己试过

https://doi.org/10.1063/1.3526958

作者说的方法是这样的，在MD完成以后，重新制作一个top文件，把nrexl改成很大的值，然后重新获得tpr文件，用这个文件作为gmx rdf的输入。注意MD不要重跑，只是在计算rdf的时候用这个tpr文件

作者
Author: 滚滚滚拉 时间: 2020-3-14 16:37

wbn 发表于 2020-3-13 02:41
我在这篇文章里看到过计算分子内和分子间的rdf，我发信问过作者怎么做，但是我没有自己试过

https://doi ...

谢谢回复！我试了一下，MD不重跑，把nrexcl改大后，用重新获得的tpr算rdf，结果还是没有变化....

作者
Author: Ymw2021 时间: 2021-11-18 19:00

滚滚滚拉发表于 2020-3-14 16:37
谢谢回复！我试了一下，MD不重跑，把nrexcl改大后，用重新获得的tpr算rdf，结果还是没有变化....

2楼的方法是正确的，但是新版本的gromacs对命令进行了调整。在top文件中改变了nrexcl的值后，在使用gmx rdf命令的时候要加上 -excl 这个命令使nrexcl的值生效，老版本的是不需要的。完整的过程应该是：
1.MD跑完之后，重新调整top文件，将nrexl的值设成较大的值。（该值要超过分子内目标原子之间的最大连接键的数量，如分子的原子组成为i-j-k-l-m-n，要避免出现i-n原子之间的内峰，nrexl的值要大于5）
2.用gmx grompp重新获得 filename.tpr 文件
3.用gmx rdf计算径向分布函数，如：
gmx rdf -f filename.gro -s filename.tpr -excl -n index.ndx -o output.xvg -ref * -sel *

作者
Author: HJC 时间: 2021-12-8 13:46
本帖最后由 HJC 于 2021-12-8 13:51 编辑

Ymw2021 发表于 2021-11-18 19:00
2楼的方法是正确的，但是新版本的gromacs对命令进行了调整。在top文件中改变了nrexcl的值后，在使用gmx r ...

您好，我想计算A分子的某一片段（-ref）和B分子的某一片段（-sel）间的RDF。用了您的方法，但提示-excl only works with a -ref selection that consist of atoms in ascending (sorted) order。我检查了索引文件，原子序号是升序排列。nrexcl是只能用于考察一个分子内的RDF吗？谢谢

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-12-8 14:36

HJC 发表于 2021-12-8 13:46
您好，我想计算A分子的某一片段（-ref）和B分子的某一片段（-sel）间的RDF。用了您的方法，但提示-excl o ...

如果一个分子不同时存在两种你要分析的两个片段的话根本不需要上面的操作

作者
Author: HJC 时间: 2021-12-8 15:00

喵星大佬发表于 2021-12-8 14:36
如果一个分子不同时存在两种你要分析的两个片段的话根本不需要上面的操作

明白了，谢谢您！！
请问如果用nrexcl的话，是在[ defaults ]中进行设置吗？

作者
Author: will维维 时间: 2021-12-8 15:57
之前干过类似的事情：盒子里面有n个某分子，我要算分子间A、B原子的rdf，但是要排除A、B之间的分子内峰。
我的做法是写一个ndx文件：分子1的A原子单独写一个组，分子2~n的B原子单独写一个组，计算两个组之间的RDF。。。。。。以此类推，计算n个单独A原子与n-1个B原子的RDF。将n个RDF平均一下，就能得到平滑的，不存在分子内峰的rdf了。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-24 02:40

HJC 发表于 2021-12-8 15:00
明白了，谢谢您！！
请问如果用nrexcl的话，是在[ defaults ]中进行设置吗？

[moleculetype]里定义

作者
Author: lts！ 时间: 5 day ago

Ymw2021 发表于 2021-11-18 19:00
2楼的方法是正确的，但是新版本的gromacs对命令进行了调整。在top文件中改变了nrexcl的值后，在使用gmx r ...

您好，这里生成tpr文件的时候，是否也需要将三个截断半径相应增大，否则会出现被排除掉的原子对距离大于截断半径的报错

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